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万見
- PDB-7wt6: Crystal structure of full-length peptidyl-tRNA hydrolase from Myc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wt6
タイトルCrystal structure of full-length peptidyl-tRNA hydrolase from Mycobacterium tuberculosis
要素Peptidyl-tRNA hydrolaseAlternative ribosome-rescue factor B
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Enzyme classification / Peptidyl-tRNA (細菌の翻訳)
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-tRNA hydrolase / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / 翻訳 (生物学) / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-tRNA hydrolase signature 2. / Peptidyl-tRNA hydrolase signature 1. / Peptidyl-tRNA hydrolase / Peptidyl-tRNA hydrolase, conserved site / Peptidyl-tRNA hydrolase superfamily / Peptidyl-tRNA hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-tRNA hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacteriaceae bacterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Kulandaisamy, R. / Das, U. / Inampudi, K.K.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India)EEQ/2016/000507 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR34319/Med/29/1488/2019 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of full-length peptidyl-tRNA hydrolase from Mycobacterium tuberculosis
著者: Kulandaisamy, R. / Das, U. / Inampudi, K.K.
履歴
登録2022年2月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-tRNA hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8041
ポリマ－21,8041
非ポリマー00
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9050 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)36.581, 39.003, 123.818
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-tRNA hydrolase / Alternative ribosome-rescue factor B / PTH


分子量: 21803.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacteriaceae bacterium (バクテリア)
株: H37Rv / 遺伝子: pth / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WHN7, peptidyl-tRNA hydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 25% (W/V) PEG 8000, 0.1M HEPES pH 7.5 5% (V/V) 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976254 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月26日 / 詳細: Vertical CRL/ Horizontal Eliptical mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.937→37.201 Å / Num. obs: 13646 / % possible obs: 98.61 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 18.92 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.937→1.97 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 587 / CC1/2: 0.887 / Rpim(I) all: 0.29 / Rrim(I) all: 0.78 / % possible all: 87.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Z2I

2z2i


解像度: 1.94→37.2 Å / SU ML: 0.2299 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.7634 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2145 729 5.34 %
Rwork0.1687 12915 -
obs0.1712 13638 98.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→37.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1427 0 0 218 1645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00581454
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79311965
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0506215
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057264
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.7057878
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-2.090.25181360.19182396X-RAY DIFFRACTION94.41
2.09-2.30.23911560.17712570X-RAY DIFFRACTION99.49
2.3-2.630.24261310.17182586X-RAY DIFFRACTION99.67
2.63-3.310.22461540.17252625X-RAY DIFFRACTION99.89
3.31-37.20.18181520.15682738X-RAY DIFFRACTION99.48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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