+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wt2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | human glyoxalase I in complex with TLSC702 | ||||||
![]() | Lactoylglutathione lyase | ||||||
![]() | LYASE / glyoxalase I / zinc metalloenzyme | ||||||
機能・相同性 | ![]() lactoylglutathione lyase / lactoylglutathione lyase activity / methylglyoxal metabolic process / Pyruvate metabolism / glutathione metabolic process / osteoclast differentiation / carbohydrate metabolic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding ...lactoylglutathione lyase / lactoylglutathione lyase activity / methylglyoxal metabolic process / Pyruvate metabolism / glutathione metabolic process / osteoclast differentiation / carbohydrate metabolic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Usami, M. / Yokoyama, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of human glyoxalase I and its complex with TLSC702 reveal inhibitor binding mode and substrate preference. 著者: Usami, M. / Ando, K. / Shibuya, A. / Takasawa, R. / Yokoyama, H. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 66.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 183 / Label seq-ID: 2 - 184
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20803.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 25974 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.262 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 3727 / CC1/2: 0.96 / % possible all: 97 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3vw9 解像度: 2→19.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.78 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 119.43 Å2 / Biso mean: 36.571 Å2 / Biso min: 20.2 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→19.81 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 5633 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.051 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|