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Yorodumi- PDB-7wsb: The ternary complex structure of FtmOx1 with a-ketoglutarate and ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7wsb | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | The ternary complex structure of FtmOx1 with a-ketoglutarate and 13-oxo-fumitremorgin B | ||||||
Components | Verruculogen synthase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / dioxygenase / non-heme / iron dependent | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationverruculogen synthase / verruculogen biosynthetic process / dioxygenase activity Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.87 Å | ||||||
Authors | Wang, J. / Wang, X.Y. / Wang, Y.Y. / Yan, W.P. | ||||||
| Funding support | China, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Jacs Au / Year: 2022Title: Dissecting the Mechanism of the Nonheme Iron Endoperoxidase FtmOx1 Using Substrate Analogues. Authors: Zhu, G. / Yan, W. / Wang, X. / Cheng, R. / Naowarojna, N. / Wang, K. / Wang, J. / Song, H. / Wang, Y. / Liu, H. / Xia, X. / Costello, C.E. / Liu, X. / Zhang, L. / Liu, P. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7wsb.cif.gz | 788.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7wsb.ent.gz | 581.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7wsb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7wsb_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7wsb_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
| Data in XML | 7wsb_validation.xml.gz | 61.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 7wsb_validation.cif.gz | 81.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/7wsb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/7wsb | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4y5tS S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
| #1: Protein | Mass: 35841.812 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 159 molecules 










| #2: Chemical | ChemComp-CO / #3: Chemical | ChemComp-4IL / #4: Chemical | ChemComp-AKG / #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.15 Å3/Da / Density % sol: 60.89 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M MES/Imidazole pH 6.5, 20% PEG 500 MME, 10% PEG 20,000, 0.03 M MgCl2, 0.03 M CaCl2 PH range: 6.0-7.0 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.97852 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 20, 2021 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97852 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.87→30 Å / Num. obs: 60482 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 51.93 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 13.39 |
| Reflection shell | Resolution: 2.87→2.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / Num. unique obs: 2949 / CC1/2: 0.838 / Rsym value: 0.608 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4Y5T Resolution: 2.87→30 Å / SU ML: 0.2851 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.8728 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 52.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.87→30 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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X-RAY DIFFRACTION
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