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- PDB-7wrx: Structure of Deinococcus radiodurans HerA-ADP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wrx
タイトルStructure of Deinococcus radiodurans HerA-ADP complex
要素HerA
キーワードTRANSLOCASE / hexamer / ATPase / RecA-like / helicase
機能・相同性: / nucleotide binding / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / metal ion binding / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Helicase HerA central domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.40003560509 Å
データ登録者Cheng, K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100017 中国
引用ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2023
タイトル: Structural and DNA end resection study of the bacterial NurA-HerA complex.
著者: Yang, J. / Sun, Y. / Wang, Y. / Hao, W. / Cheng, K.
履歴
登録2022年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: HerA
A: HerA
B: HerA
C: HerA
D: HerA
E: HerA
F: HerA
G: HerA
I: HerA
J: HerA
K: HerA
L: HerA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)814,60526
ポリマ－809,43012
非ポリマー5,17514
水00
1
H: HerA
G: HerA
I: HerA
J: HerA
K: HerA
L: HerA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)407,30213
ポリマ－404,7156
非ポリマー2,5887
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32490 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area129130 Å2
手法PISA
2
A: HerA
B: HerA
C: HerA
D: HerA
E: HerA
F: HerA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)407,30213
ポリマ－404,7156
非ポリマー2,5887
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33590 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area127810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.011, 202.869, 411.852
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
HerA


分子量: 67452.461 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: DR_0837 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RW32
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.85 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M HEPES (pH 7.8), 14% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.39→102.9 Å / Num. obs: 120020 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 72 Å2 / Rrim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 3.39→3.46 Å / Num. unique obs: 5712 / Rrim(I) all: 0.618

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7WRW

7wrw


解像度: 3.40003560509→9.99988280767 Å / SU ML: 0.478000504202 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33473620971 / 位相誤差: 30.443582993
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.290776296642 5820 5.06421635168 %
Rwork0.275648835352 109104 -
obs0.276419459316 114924 97.5618866515 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.40003560509→9.99988280767 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数54976 0 326 0 55302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084845432818356463
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2388690912876691
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08006593813048529
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066371968349410176
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.721405599421095
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.400036-3.43710.3840352744082080.3574893312663489X-RAY DIFFRACTION94.1910828025
3.4371-3.47590.3645850257621770.3551482325453599X-RAY DIFFRACTION98.6673634701
3.4759-3.51650.3941673102631870.3454812755173675X-RAY DIFFRACTION98.1698017285
3.5165-3.5590.3396154178572060.3332609469963602X-RAY DIFFRACTION98.0937660999
3.559-3.60370.3581616708541920.3388860083613586X-RAY DIFFRACTION98.2063945932
3.6037-3.65070.3831624105452000.329517205373604X-RAY DIFFRACTION96.4014191586
3.6507-3.70020.3435112318791860.3251489139143535X-RAY DIFFRACTION96.3241004401
3.7002-3.75260.3175753798971870.3093882385263653X-RAY DIFFRACTION97.8593272171
3.7526-3.8080.3387741282752020.3114854743833662X-RAY DIFFRACTION99.0007686395
3.808-3.86690.3094866838051910.3092642985363627X-RAY DIFFRACTION98.860693941
3.8669-3.92960.3308362313532010.3116998798973698X-RAY DIFFRACTION98.7088607595
3.9296-3.99660.3249875850891860.3074162765013622X-RAY DIFFRACTION98.6272986273
3.9966-4.06840.3252422650232070.2950359449633684X-RAY DIFFRACTION98.7312864755
4.0684-4.14560.2898601095371970.2829874424943647X-RAY DIFFRACTION98.6652977413
4.1456-4.22910.2973384186752030.2817533736613668X-RAY DIFFRACTION98.6242038217
4.2291-4.31970.3095784615511960.2758360265193632X-RAY DIFFRACTION98.4061696658
4.3197-4.41860.2826663562552130.2756840504243670X-RAY DIFFRACTION98.5032978184
4.4186-4.52730.2706808298611970.2540331343625X-RAY DIFFRACTION98.4797732543
4.5273-4.64750.2800488229281990.2604895241963664X-RAY DIFFRACTION98.0456852792
4.6475-4.78150.2787977013831800.2592346086853664X-RAY DIFFRACTION97.9612640163
4.7815-4.93260.2821574419451650.2585894025633649X-RAY DIFFRACTION97.4450689831
4.9326-5.10470.2764356635861930.2646101773293636X-RAY DIFFRACTION96.7652261815
5.1047-5.30360.2545536629891860.2499758523393638X-RAY DIFFRACTION96.6144517433
5.3036-5.53780.2905893641861930.2836063942753519X-RAY DIFFRACTION94.4048830112
5.5378-5.81960.3093347545471910.2860273489363649X-RAY DIFFRACTION97.26443769
5.8196-6.16930.2818508311961680.2800975804823717X-RAY DIFFRACTION97.6375973863
6.1693-6.62170.3024245981962000.258485619393686X-RAY DIFFRACTION97.5646497615
6.6217-7.24510.2573915898072050.2423008155143642X-RAY DIFFRACTION96.5127947817
7.2451-80.264972834612070.230370539263688X-RAY DIFFRACTION96.8423669816
8-9.99980.1677030971431970.1610413079573674X-RAY DIFFRACTION95.5330700888
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 118.595548331 Å / Origin y: 217.924978034 Å / Origin z: 147.962379689 Å
111213212223313233
T0.57476436982 Å20.0111342256749 Å2-0.00884818771687 Å2-0.577493801791 Å2-0.0136692669087 Å2--0.57749696535 Å2
L-0.0181573734039 °2-0.000139192508507 °20.0437525376285 °2--0.0200998760608 °2-0.0467825376472 °2--0.410960750151 °2
S0.0119124752131 Å °-0.0066949898102 Å °0.00818155090767 Å °0.00103988011682 Å °0.0197767349346 Å °0.0285688452316 Å °-0.0464248094597 Å °-0.0522845910442 Å °-0.0327483138188 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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