PDB-7wrt: X-ray structure ofThermus thermophilus HB8 transketorase demonstr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wrt

タイトル

X-ray structure ofThermus thermophilus HB8 transketorase demonstrate in complex with TPP and D-erythrose-4-phosphate

要素

Transketolase

トランスケトラーゼ

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

transketolase (トランスケトラーゼ) /

complex / TPP / D-erythrose-4-phosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

トランスケトラーゼ /

transketolase activity /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Kamitori, S. / Yoshihara, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2023
タイトル: Structural and biochemical characterizations of Thermus thermophilus HB8 transketolase producing a heptulose.
著者: Yoshihara, A. / Takamatsu, Y. / Mochizuki, S. / Yoshida, H. / Masui, R. / Izumori, K. / Kamitori, S.

履歴

登録	2022年1月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wrt.cif.gz	521.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wrt.ent.gz	412.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wrt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/7wrt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/7wrt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7wrrC 2e6kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (8) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Transketolase

B: Transketolase

C: Transketolase

D: Transketolase

ヘテロ分子

300 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transketolase

B: Transketolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
150 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Transketolase

D: Transketolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
150 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.680, 88.860, 117.370
Angle α, β, γ (deg.)	72.308, 88.696, 73.459
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Transketolase / トランスケトラーゼ分子量: 74230.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) 遺伝子: TTHA0108 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SM35, トランスケトラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略) / チアミンピロリン酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖	ChemComp-E4P / ERYTHOSE-4-PHOSPHATE / エリトロ-ス4-りん酸 / エリトロース-4-リン酸タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 200.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉O₇P
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.12 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100mM imidazole/MES buffer pH 6.5, 20%(v/v) ethylene glycol, 10% (w/v) PEG 8000, 24mM of D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, and N-acetyl-D-glucosamine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→41.86 Å / Num. obs: 124659 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 2.25→2.31 Å / Num. unique obs: 9119 / CC_1/2: 0.839

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2E6K

2e6k

解像度: 2.25→41.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / WR_factor R_free: 0.231 / WR_factor R_work: 0.18 / SU B: 9.404 / SU ML: 0.221 / Average fsc free: 0.8578 / Average fsc work: 0.8747 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.352 / ESU R Free: 0.244 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	6251	5.014 %
R_work	0.202	118408	-
all	0.205	-	-
obs	-	124659	98.152 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.409 Å²	-0.111 Å²	0.005 Å²
2-	-	0.057 Å²	-0.084 Å²
3-	-	-	0.172 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→41.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20280	0	156	183	20619

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	20972
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	19864
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.642	1.651	28548
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.256	1.573	45672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.712	5	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.727	19.965	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.407	15	3296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.546	15	208
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	2548
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	23700
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4868
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	5071
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	19966
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	9808
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	10107
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	631
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.104	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.174	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.111	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.161	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.002	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.185	5.708	10396
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.185	5.708	10395
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.239	8.544	12988
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.239	8.545	12989
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.013	6.136	10576
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.013	6.136	10576
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.237	9.054	15560
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.237	9.054	15561
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.752	67.789	23447
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.752	67.789	23443

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.25-2.308	0.344	436	0.322	8653	0.323	9356	0.697	0.713	97.1462	0.286
2.308-2.371	0.348	437	0.299	8489	0.301	9153	0.748	0.767	97.5199	0.258
2.371-2.44	0.332	453	0.28	8259	0.282	8926	0.794	0.809	97.6025	0.238
2.44-2.515	0.308	441	0.251	7937	0.254	8573	0.836	0.849	97.7254	0.211
2.515-2.597	0.309	397	0.243	7842	0.247	8424	0.847	0.869	97.8039	0.202
2.597-2.688	0.318	427	0.253	7503	0.257	8099	0.825	0.857	97.9133	0.211
2.688-2.789	0.3	394	0.249	7242	0.252	7784	0.86	0.865	98.0987	0.209
2.789-2.902	0.295	367	0.239	7006	0.242	7499	0.858	0.878	98.3198	0.199
2.902-3.03	0.3	353	0.225	6758	0.228	7226	0.867	0.899	98.4085	0.189
3.03-3.177	0.291	343	0.22	6455	0.223	6918	0.885	0.908	98.2654	0.191
3.177-3.348	0.286	324	0.214	6108	0.218	6516	0.888	0.918	98.7109	0.192
3.348-3.55	0.275	290	0.216	5816	0.219	6194	0.905	0.922	98.5793	0.201
3.55-3.793	0.247	292	0.202	5455	0.205	5821	0.928	0.938	98.7287	0.189
3.793-4.094	0.227	249	0.182	5139	0.184	5450	0.938	0.949	98.8624	0.173
4.094-4.48	0.207	255	0.161	4665	0.163	4975	0.944	0.954	98.8945	0.157
4.48-5.002	0.209	231	0.159	4233	0.162	4524	0.955	0.962	98.6737	0.158
5.002-5.762	0.218	193	0.166	3742	0.168	4000	0.955	0.961	98.375	0.162
5.762-7.024	0.232	174	0.172	3187	0.175	3391	0.945	0.951	99.1153	0.173
7.024-9.797	0.172	132	0.141	2490	0.142	2640	0.961	0.966	99.3182	0.154
9.797-41.86	0.209	63	0.18	1429	0.181	1519	0.936	0.95	98.2225	0.205

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関連情報:EMDBヘッダ

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