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- PDB-7wrq: Structure of Human IGF1/IGFBP3/ALS Ternary Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wrq
タイトルStructure of Human IGF1/IGFBP3/ALS Ternary Complex
要素
  • Insulin-like growth factor-binding protein 3
  • Insulin-like growth factor-binding protein complex acid labile subunit
  • Isoform 3 of Insulin-like growth factor I
キーワードSIGNALING PROTEIN / Growth / Proliferation / Differentiation / Metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / protein tyrosine phosphatase activator activity / glycolate metabolic process / muscle hypertrophy / negative regulation of oocyte development / positive regulation of trophectodermal cell proliferation / insulin-like growth factor binding protein complex / insulin-like growth factor ternary complex / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process / proteoglycan biosynthetic process ...regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / protein tyrosine phosphatase activator activity / glycolate metabolic process / muscle hypertrophy / negative regulation of oocyte development / positive regulation of trophectodermal cell proliferation / insulin-like growth factor binding protein complex / insulin-like growth factor ternary complex / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process / proteoglycan biosynthetic process / myotube cell development / negative regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / insulin-like growth factor binding / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / negative regulation of smooth muscle cell migration / bone mineralization involved in bone maturation / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / IRS-related events triggered by IGF1R / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / exocytic vesicle / insulin-like growth factor II binding / cell activation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / type B pancreatic cell proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / insulin-like growth factor I binding / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / cell surface receptor signaling pathway via STAT / myoblast differentiation / positive regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / myoblast proliferation / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / growth hormone receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of DNA binding / muscle organ development / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of activated T cell proliferation / fibronectin binding / negative regulation of protein phosphorylation / regulation of glucose metabolic process / negative regulation of tumor necrosis factor production / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of glycogen biosynthetic process / positive regulation of myoblast differentiation / SHC-related events triggered by IGF1R / negative regulation of signal transduction / positive regulation of osteoblast differentiation / activation of protein kinase B activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / insulin-like growth factor receptor binding / extracellular matrix / positive regulation of mitotic nuclear division / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / platelet alpha granule lumen / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of epithelial cell proliferation / skeletal system development / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of D-glucose import / positive regulation of protein secretion / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / regulation of cell growth / insulin receptor binding / growth factor activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / wound healing / hormone activity / positive regulation of fibroblast proliferation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cellular response to amyloid-beta / osteoblast differentiation / integrin binding / MAPK cascade / insulin receptor signaling pathway / Platelet degranulation / response to heat / regulation of gene expression / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / cell adhesion / protein stabilization / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
Insulin-like growth factor binding protein 3 / : / Omega-AgatoxinV - #20 / Insulin-like growth factor-binding protein family 1-6, chordata / Insulin-like growth factor binding protein, N-terminal, Cys-rich conserved site / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain signature. / Omega-AgatoxinV / Insulin-like growth factor I / Insulin-like growth factor binding protein / Insulin-like growth factor-binding protein, IGFBP ...Insulin-like growth factor binding protein 3 / : / Omega-AgatoxinV - #20 / Insulin-like growth factor-binding protein family 1-6, chordata / Insulin-like growth factor binding protein, N-terminal, Cys-rich conserved site / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain signature. / Omega-AgatoxinV / Insulin-like growth factor I / Insulin-like growth factor binding protein / Insulin-like growth factor-binding protein, IGFBP / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain profile. / Insulin growth factor-binding protein homologues / Insulin-like growth factor / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats. / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin-like growth factor 1 / Insulin-like growth factor-binding protein 3 / Insulin-like growth factor-binding protein complex acid labile subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Kim, H. / Fu, Y. / Kim, H.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Other governmentInstiture of Basic Science, IBS-R030-C1
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for assembly and disassembly of the IGF/IGFBP/ALS ternary complex
著者: Kim, H. / Fu, Y. / Hong, H.J. / Lee, S.G. / Lee, D.S. / Kim, H.M.
履歴
登録2022年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin-like growth factor-binding protein complex acid labile subunit
B: Insulin-like growth factor-binding protein 3
C: Isoform 3 of Insulin-like growth factor I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2428
ポリマ－99,7713
非ポリマー1,4715
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, co-Expressed and purified
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Insulin-like growth factor-binding protein complex acid labile subunit / ALS


分子量: 63312.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALS / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35858
#2: タンパク質 Insulin-like growth factor-binding protein 3 / IBP-3 / IGF-binding protein 3 / IGFBP-3


分子量: 28794.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGFBP3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P17936
#3: タンパク質 Isoform 3 of Insulin-like growth factor I / IGF-I / Mechano growth factor / MGF / Somatomedin-C


分子量: 7663.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGF1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05019
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of IGF1/IGFBP3/ALS / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTrisTris1
2200 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 15mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: CDS mode is used
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 3.4 sec. / 電子線照射量: 63.23033928 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14754

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
10cryoSPARC3.0.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.0.1最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 638058 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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