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- PDB-7wrn: ESRP1 RNaseH-qRRM1 tandem domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wrn
タイトルESRP1 RNaseH-qRRM1 tandem domain
要素Epithelial splicing regulatory protein 1
キーワードSPLICING / qRRM domain / RNA binding / circRNA / RNA BINDING PROTEIN / RNase-H
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of inner ear auditory receptor cell fate specification / FGFR2 alternative splicing / regulation of RNA splicing / RNA splicing / mRNA processing / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / nuclear body / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
ESRP1, RNA recognition motif 1 / : / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily ...ESRP1, RNA recognition motif 1 / : / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Epithelial splicing regulatory protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Wu, B.X. / Guo, W.T. / Patel, D.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ESRP1 RNaseH-qRRM1 tandem domain
著者: Wu, B.X. / Guo, W.T. / Patel, D.J.
履歴
登録2022年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epithelial splicing regulatory protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8602
ポリマ－34,7671
非ポリマー921
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area14910 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)70.365, 70.365, 114.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z

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要素

#1: タンパク質 Epithelial splicing regulatory protein 1 / RNA-binding motif protein 35A / RNA-binding protein 35A


分子量: 34767.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESRP1, RBM35A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NXG1
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Potassium thiocyanate, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 25216 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.4 % / Biso Wilson estimate: 24.49 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 26.9
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 25.6 % / Rmerge(I) obs: 1.084 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 3581 / CC1/2: 0.894 / Rpim(I) all: 0.217 / Rrim(I) all: 1.106 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7VKI

7vki


解像度: 1.85→29.94 Å / SU ML: 0.1636 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.836
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 1239 4.92 %
Rwork0.1935 23926 -
obs0.1954 25165 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2347 0 6 125 2478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00223274
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007432
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.0658329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.920.24771330.21922586X-RAY DIFFRACTION99.96
1.92-2.010.2781240.21462607X-RAY DIFFRACTION99.93
2.01-2.120.27811290.21122620X-RAY DIFFRACTION99.96
2.12-2.250.2331280.2042622X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.420.26211330.21032640X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.670.27041390.21142638X-RAY DIFFRACTION100
2.67-3.050.23351590.20442650X-RAY DIFFRACTION99.96
3.05-3.840.23151420.17892711X-RAY DIFFRACTION100
3.85-29.940.18771520.17522852X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.84778518298 Å / Origin y: -20.9606789864 Å / Origin z: -28.2923155271 Å
111213212223313233
T0.133074669003 Å20.0190556030535 Å20.00824540677842 Å2-0.114055716865 Å20.00632672427415 Å2--0.166879709838 Å2
L1.17267500373 °20.188027376833 °20.532903950126 °2-0.900994143224 °20.235314370548 °2--2.20014565218 °2
S0.0356693999424 Å °0.0114465925935 Å °-0.0182873497467 Å °-0.0429527800432 Å °-0.0240779232151 Å °0.0464394777219 Å °0.0647166976828 Å °0.159663331566 Å °-0.011103371552 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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