PDB-7wrm: The malate-bound dimer of chemoreceptor MCP2201 ligand binding domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wrm

タイトル

The malate-bound dimer of chemoreceptor MCP2201 ligand binding domain

要素

Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

キーワード

SIGNALING PROTEIN /

methyl-accepting chemotaxis protein / four helix bundle / dicarboxylic organic acid binding

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane signaling receptor activity /

走化性 /

シグナル伝達 /

生体膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Comamonas testosteroni CNB-2 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Hong, Y. / Guo, L. / Li, D.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: The repellent response to malate mediated by chemoreceptor MCP2201 in Comamonas testosteroni CNB-1
著者: Guo, L. / Li, D.F. / Liu, S.J.

履歴

登録	2022年1月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wrm.cif.gz	128.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wrm.ent.gz	99.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wrm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/7wrm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/7wrm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xuaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (8) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

B: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

ヘテロ分子

34.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.420, 59.840, 98.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer 分子量: 16958.246 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 57-203 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Comamonas testosteroni CNB-2 (バクテリア) 株: CNB-2 / 遺伝子: CtCNB1_2201 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D0IVL9
#2: 化合物	ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸 / リンゴ酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.03 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.6, 22% PEG 3,350, 5%Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→42.7 Å / Num. obs: 26227 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 11.8 % / B_iso Wilson estimate: 13.586 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 3726 / CC_1/2: 0.892 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX	v.1.14	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XUA

5xua

解像度: 1.8→42.69 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.33

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2082	2000	7.64 %	Random
R_work	0.1803	-	-	-
obs	0.1824	26184	98.52 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2168	0	18	203	2389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2220
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.657	3001
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.337	1417
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	369
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	386

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.845	0.4516	138	0.4698	1671	X-RAY DIFFRACTION	98
1.845-1.8949	0.3695	140	0.3175	1684	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8949-1.9507	0.2463	141	0.2123	1705	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9507-2.0136	0.2154	140	0.1858	1692	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0136-2.0856	0.2365	139	0.1792	1683	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0856-2.1691	0.2051	140	0.1624	1699	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1691-2.2678	0.2282	142	0.1639	1714	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2678-2.3874	0.1863	143	0.1654	1729	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3874-2.5369	0.2087	141	0.169	1712	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5369-2.7328	0.1993	145	0.1687	1744	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7328-3.0077	0.1923	142	0.1653	1728	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0077-3.4428	0.1828	146	0.1679	1761	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4428-4.3369	0.1735	148	0.1582	1781	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3369-42.69	0.2129	155	0.1877	1881	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4448	2.7516	0.6093	4.2473	0.3798	1.6621	0.1176	0.1766	-0.0018	0.1365	0.0175	0.067	0.0146	0.0735	-0.1177	0.1275	0.0742	0.0024	0.1505	-0.0197	0.1019	-0.8275	-0.3377	-13.5454
2	7.7586	6.2998	4.1634	5.2271	3.3814	3.141	0.0946	0.3148	-0.4019	-0.1464	0.2112	-0.4145	-0.0817	0.3187	-0.41	0.1713	0.0339	0.0076	0.2333	-0.0766	0.2048	10.1269	0.8284	-15.6196
3	5.8972	7.0206	3.9639	8.2603	4.6573	2.46	0.3528	0.0183	-0.6637	0.4856	0.0496	-0.5113	0.3913	0.1694	-0.3458	0.2633	0.0285	-0.077	0.2137	-0.0329	0.2679	6.6088	-8.0342	-6.8077
4	2.5896	1.9382	1.1436	6.0618	2.4818	2.2195	-0.0002	0.0651	0.0306	-0.1103	-0.0689	0.4049	0.057	-0.0073	-0.0042	0.1414	0.0331	-0.0288	0.1663	-0.0296	0.1262	2.4947	3.3978	-3.1618
5	5.6708	4.4911	2.8302	6.954	2.4417	2.8271	-0.0599	-0.1326	0.0242	-0.0048	-0.018	-0.2498	-0.1308	0.0439	0.0404	0.1014	0.0276	0.0194	0.1601	-0.0104	0.0901	-5.3121	10.9367	-12.6297
6	1.6465	1.9736	0.6745	5.4226	1.5286	0.9012	0.0654	-0.0169	0.0285	0.0476	-0.1055	0.3082	0.0397	-0.0692	0.0164	0.1471	0.0001	0.0274	0.1658	-0.0084	0.1402	-14.1418	7.4418	-9.2725
7	5.5606	6.3182	1.1222	6.6841	1.2956	0.2339	0.004	0.1358	0.3785	0.0392	-0.0358	0.6051	-0.0676	-0.0522	0.0154	0.1519	0.0114	-0.006	0.1547	-0.0086	0.167	-17.5797	12.3111	-19.1333
8	5.2363	3.0549	-0.4275	3.5534	-0.3542	1.2679	-0.2805	0.3996	-0.515	-0.2556	0.2904	-0.4251	-0.1273	0.2426	-0.0979	0.1363	0.0189	0.031	0.1682	0.0047	0.1557	-5.5827	12.7012	-20.4937

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 58 through 97 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 98 through 121 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 122 through 150 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 151 through 200 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 57 through 87 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 88 through 121 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 122 through 150 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 151 through 198 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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