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- PDB-7wrk: Structure of hypothetical protein TTHA1873 from Thermus thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wrk
タイトルStructure of hypothetical protein TTHA1873 from Thermus thermophilus
要素hypothetical protein TTHA1873
キーワードUNKNOWN FUNCTION
機能・相同性metal ion binding / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Yuvaraj, I. / Santosh, K.C. / Sekar, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022
タイトル: Structure of the hypothetical protein TTHA1873 from Thermus thermophilus.
著者: Yuvaraj, I. / Chaudhary, S.K. / Jeyakanthan, J. / Sekar, K.
履歴
登録2022年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein TTHA1873
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5563
ポリマ－18,4761
非ポリマー802
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area6930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.180, 42.180, 156.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein TTHA1873


分子量: 18476.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: TTHA1873
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q5SH57
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5 and 3.0 M Sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→52.3 Å / Num. obs: 14566 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.8 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.78→1.81 Å / Num. unique obs: 804 / CC1/2: 0.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.78→40.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 4.953 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1985 732 5.1 %RANDOM
Rwork0.1624 ---
obs0.1642 13757 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 46.15 Å2 / Biso mean: 13.743 Å2 / Biso min: 8.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.26 Å2-0 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→40.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1181 0 2 125 1308
Biso mean--10.99 23.24 -
残基数----160
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0131211
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0141087
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8271.6621665
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6031.5622506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4115159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.75322.72755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.8415157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.654156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02276
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.823 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 47 -
Rwork0.195 983 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.7263 Å / Origin y: 16.5029 Å / Origin z: 10.3197 Å
111213212223313233
T0.0046 Å2-0.0042 Å2-0.0029 Å2-0.0134 Å20.0089 Å2--0.006 Å2
L0.8706 °2-0.3661 °2-0.037 °2-1.4224 °20.2973 °2--1.5458 °2
S0.0261 Å °-0.0079 Å °-0.0135 Å °0.0542 Å °-0.0318 Å °-0.014 Å °0.0189 Å °0.0088 Å °0.0057 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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