PDB-7wrk: Structure of hypothetical protein TTHA1873 from Thermus thermophilus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wrk

タイトル

Structure of hypothetical protein TTHA1873 from Thermus thermophilus

要素

hypothetical protein TTHA1873

キーワード

UNKNOWN FUNCTION

機能・相同性

metal ion binding / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Yuvaraj, I. / Santosh, K.C. / Sekar, K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022
タイトル: Structure of the hypothetical protein TTHA1873 from Thermus thermophilus.
著者: Yuvaraj, I. / Chaudhary, S.K. / Jeyakanthan, J. / Sekar, K.

履歴

登録	2022年1月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wrk.cif.gz	77.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wrk.ent.gz	57 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wrk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7wrk_validation.pdf.gz	698.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7wrk_full_validation.pdf.gz	698.1 KB	表示
XML形式データ	7wrk_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	7wrk_validation.cif.gz	12.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/7wrk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/7wrk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7wwnC 7wwoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6c4u-6 6c4u-5 4lw9-8 2ai6-d 2q3q-1 5tck-1 5tcm-1 4odp-d 5f29-d 1anu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein TTHA1873

ヘテロ分子

18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.180, 42.180, 156.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	hypothetical protein TTHA1873 分子量: 18476.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: TTHA1873 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q5SH57
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.87 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5 and 3.0 M Sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→52.3 Å / Num. obs: 14566 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.8 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.78→1.81 Å / Num. unique obs: 804 / CC_1/2: 0.98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.78→40.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 4.953 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1985	732	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1624	-	-	-
obs	0.1642	13757	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 46.15 Å² / B_iso mean: 13.743 Å² / B_iso min: 8.19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.26 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.26 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.78→40.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1181	0	2	125	1308
B_iso mean	-	-	10.99	23.24	-
残基数	-	-	-	-	160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.827	1.662	1665
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.603	1.562	2506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.411	5	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.753	22.727	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.84	15	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.654	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	276

LS精密化シェル

解像度: 1.78→1.823 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.219	47	-
R_work	0.195	983	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 20.7263 Å / Origin y: 16.5029 Å / Origin z: 10.3197 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0046 Å²	-0.0042 Å²	-0.0029 Å²	-	0.0134 Å²	0.0089 Å²	-	-	0.006 Å²
L	0.8706 °²	-0.3661 °²	-0.037 °²	-	1.4224 °²	0.2973 °²	-	-	1.5458 °²
S	0.0261 Å °	-0.0079 Å °	-0.0135 Å °	0.0542 Å °	-0.0318 Å °	-0.014 Å °	0.0189 Å °	0.0088 Å °	0.0057 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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