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万見
- PDB-7wqu: FeoC from Klebsiella pneumoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wqu
タイトルFeoC from Klebsiella pneumoniae
要素
  • Ferrous iron transport protein B
  • Probable [Fe-S]-dependent transcriptional repressor
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / FeoC / sulfur cluster / channel
機能・相同性
機能・相同性情報


ferrous iron transmembrane transporter activity / iron-sulfur cluster binding / iron ion binding / GTP binding / DNA binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Probable [Fe-S]-dependent transcriptional repressor / Transcriptional regulator HTH-type, FeoC / FeoC like transcriptional regulator / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. ...Probable [Fe-S]-dependent transcriptional repressor / Transcriptional regulator HTH-type, FeoC / FeoC like transcriptional regulator / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / GTP binding domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferrous iron transport protein B / Probable [Fe-S]-dependent transcriptional repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.202 Å
データ登録者Hsueh, K.L. / Yu, L.K. / Hsieh, Y.C. / Hsiao, Y.Y. / Chen, C.J.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2023
タイトル: FeoC from Klebsiella pneumoniae uses its iron sulfur cluster to regulate the GTPase activity of the ferrous iron channel.
著者: Hsueh, K.L. / Yu, L.K. / Hsieh, Y.C. / Hsiao, Y.Y. / Chen, C.J.
履歴
登録2022年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferrous iron transport protein B
B: Probable [Fe-S]-dependent transcriptional repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4702
ポリマ－38,4702
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.292, 176.292, 176.292
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Ferrous iron transport protein B


分子量: 29133.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: feoB_3, NCTC13465_06046 / 発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2X3IBQ3
#2: タンパク質 Probable [Fe-S]-dependent transcriptional repressor


分子量: 9336.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: feoC, feoC_1, feoC_2, feoC_3, B4U61_05105, B5L96_23940, BANRA_00013, BANRA_02115, BANRA_03104, BANRA_05041, BANRA_05068, BL124_00007660, BN49_0337, BS595_00310, BVX91_21775, C3F39_16835, ...遺伝子: feoC, feoC_1, feoC_2, feoC_3, B4U61_05105, B5L96_23940, BANRA_00013, BANRA_02115, BANRA_03104, BANRA_05041, BANRA_05068, BL124_00007660, BN49_0337, BS595_00310, BVX91_21775, C3F39_16835, DBX64_03020, DD583_06240, DDJ63_18885, DRB11_11255, EAO24_26705, EHZ17_14310, FXN67_10090, G5637_14020, G7Z27_01710, GJJ08_001695, GNG14_19045, GTH21_21045, H7U16_01300, NCTC11679_00389, NCTC13443_06889, NCTC13635_04158, NCTC3279_04123, NCTC5052_03367, NCTC5053_04698, NCTC9128_00574, NCTC9140_07590, NCTC9617_03741, NCTC9645_02373, NCTC9661_01156, SAMEA3499874_04074, SAMEA3499901_00641, SAMEA3512100_03353, SAMEA3515130_02436, SAMEA3538828_03100, SAMEA3649466_04175, SAMEA3649648_02635, SAMEA3649733_05023, SAMEA3649758_02179, SAMEA3720909_02087, SAMEA3727643_02153, SAMEA3727679_02629, SAMEA3729663_01240, SAMEA4364603_03689
発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 参照: UniProt: W9BMW4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.27 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→30 Å / Num. obs: 6774 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 4.2→4.39 Å / Num. unique obs: 845 / CC1/2: 0.952

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PHENIX1.10.1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AWX

4awx


解像度: 4.202→29.382 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2323 275 10.01 %
Rwork0.2192 --
obs0.2205 6774 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 261.42 Å2 / Biso mean: 133.8716 Å2 / Biso min: 78.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.202→29.382 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2395 0 0 0 2395
残基数----312
LS精密化 シェル解像度: 4.2022→4.5256 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2415 135 -
Rwork0.213 --
obs-1198 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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