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- PDB-7wqr: Crystal structure of Aldo-keto reductase 1C3 complexed with compo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wqr
タイトルCrystal structure of Aldo-keto reductase 1C3 complexed with compound 28
要素Aldo-keto reductase family 1 member C3
キーワードOXIDOREDUCTASE / aldo-keto reductase / Lipid metabolism / NAD / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-F synthase / testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process ...prostaglandin-F synthase / testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / macromolecule metabolic process / 5alpha-androstane-3beta,17beta-diol dehydrogenase activity / Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) / farnesol catabolic process / geranylgeranyl reductase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / : / cellular response to jasmonic acid stimulus / regulation of testosterone biosynthetic process / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / androsterone dehydrogenase activity / testosterone biosynthetic process / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / RA biosynthesis pathway / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin D stimulus / ketosteroid monooxygenase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / retinal metabolic process / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / progesterone metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / aldo-keto reductase (NADPH) activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / cyclooxygenase pathway / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / bile acid binding / retinal dehydrogenase activity / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / prostaglandin metabolic process / renal absorption / steroid metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Retinoid metabolism and transport / keratinocyte differentiation / cellular response to calcium ion / cellular response to starvation / response to nutrient / male gonad development / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4R6 / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo-keto reductase family 1 member C3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.124 Å
データ登録者Jiang, J. / Liu, Y. / He, S. / Chen, Y. / Chu, X. / Liu, Y. / Guo, Q. / Zhao, L. / Feng, F. / Liu, W. ...Jiang, J. / Liu, Y. / He, S. / Chen, Y. / Chu, X. / Liu, Y. / Guo, Q. / Zhao, L. / Feng, F. / Liu, W. / Zhang, X. / Sun, H. / Fang, P.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977107 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81973207 中国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Development of highly potent and specific AKR1C3 inhibitors to restore the chemosensitivity of drug-resistant breast cancer.
著者: Liu, Y. / Chen, Y. / Jiang, J. / Chu, X. / Guo, Q. / Zhao, L. / Feng, F. / Liu, W. / Zhang, X. / He, S. / Yang, P. / Fang, P. / Sun, H.
履歴
登録2022年1月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldo-keto reductase family 1 member C3
B: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6716
ポリマ－75,4702
非ポリマー2,2004
水3,675204
1
A: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8353
ポリマ－37,7351
非ポリマー1,1002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area12950 Å2
手法PISA
2
B: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8353
ポリマ－37,7351
非ポリマー1,1002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area13240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.091, 52.741, 77.197
Angle α, β, γ (deg.)77.490, 86.800, 77.850
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Aldo-keto reductase family 1 member C3 / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 5 / 17-beta-HSD 5 / 3-alpha-HSD type II / brain / 3-alpha- ...17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 5 / 17-beta-HSD 5 / 3-alpha-HSD type II / brain / 3-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase type 2 / 3-alpha-HSD type 2 / Chlordecone reductase homolog HAKRb / Dihydrodiol dehydrogenase 3 / DD-3 / DD3 / Dihydrodiol dehydrogenase type I / HA1753 / Prostaglandin F synthase / PGFS / Testosterone 17-beta-dehydrogenase 5


分子量: 37735.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1C3, DDH1, HSD17B5, KIAA0119, PGFS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P42330, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase, 3alpha(or 20beta)- ...参照: UniProt: P42330, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase, 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase, 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase, prostaglandin-F synthase, 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+), testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-4R6 / ~{N}-(3-chlorophenyl)-2-[(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)methoxy]benzamide


分子量: 356.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17ClN2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MES pH 6.0, Ammonium chloride, PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→46.67 Å / Num. obs: 29182 / % possible obs: 85.8 % / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 31.44 Å2 / CC1/2: 0.828 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 49609
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.12-2.241.70.236704441290.8160.2360.3332.383.3
6.72-46.671.90.023190310210.9960.0230.0336.695.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7WQM

7wqm


解像度: 2.124→29.717 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 31.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2728 1454 4.99 %
Rwork0.2214 27713 -
obs0.224 29167 85.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.06 Å2 / Biso mean: 41.4795 Å2 / Biso min: 16.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.124→29.717 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4935 0 146 204 5285
Biso mean--42.07 42.88 -
残基数----629
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1241-2.20.31531600.2872307895
2.2-2.28810.3229720.3048164251
2.2881-2.39220.36541450.2879310195
2.3922-2.51820.34641650.2861305895
2.5182-2.67590.34351090.2808196493
2.6759-2.88230.30371270.2587241297
2.8823-3.17210.29351670.2497314497
3.1721-3.63040.28061830.2202309496
3.6304-4.57130.24281660.1813309996
4.5713-29.7170.20821600.1717312196
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.0842 Å / Origin y: -9.3237 Å / Origin z: 17.7152 Å
111213212223313233
T0.1728 Å20.0295 Å2-0.0587 Å2-0.2009 Å2-0.0143 Å2--0.226 Å2
L0.463 °20.3046 °2-0.5862 °2-1.0641 °2-0.6585 °2--1.8867 °2
S-0.0513 Å °0.0253 Å °-0.1051 Å °0.1761 Å °-0.0531 Å °-0.0545 Å °-0.364 Å °-0.0756 Å °0.0996 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA6 - 401
2X-RAY DIFFRACTION1allA501
3X-RAY DIFFRACTION1allB6 - 401
4X-RAY DIFFRACTION1allB501
5X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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