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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wqh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of HCoV-NL63 main protease with PF07304814 | ||||||
![]() | 3C-like proteinase | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN/INHIBITOR / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() host cell membrane / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / mRNA guanylyltransferase / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / methyltransferase cap1 ...host cell membrane / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / mRNA guanylyltransferase / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhong, F.L. / Zhou, X.L. / Lin, C. / Zeng, P. / Li, J. / Zhang, J. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of Main Proteases of Coronavirus Bound to Drug Candidate PF-07304814 著者: Li, J. / Lin, C. / Zhou, X. / Zhong, F. / Zeng, P. / McCormick, P.J. / Jiang, H. / Zhang, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 151.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7vvpC ![]() 7wqjC ![]() 7e6lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32320.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0C6X5, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate, 16% w/v Polyethylene glycol 3350, pH5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979137 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.32→59.66 Å / Num. obs: 25391 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 40.8932995056 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.32→2.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.577 / Num. unique obs: 3867 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7E6L 解像度: 2.32→37.0239 Å / SU ML: 0.334625280692 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33793583676 / 位相誤差: 29.6211162422 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.4087182573 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.32→37.0239 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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