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万見
- PDB-7wqg: Bovin Alpha-lactalbumin binding with zinc ions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wqg
タイトルBovin Alpha-lactalbumin binding with zinc ions
要素Alpha-lactalbumin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


response to 11-deoxycorticosterone / response to dehydroepiandrosterone / lactose synthase activity / lactose biosynthetic process / response to progesterone / lysozyme activity / response to estradiol / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / calcium ion binding ...response to 11-deoxycorticosterone / response to dehydroepiandrosterone / lactose synthase activity / lactose biosynthetic process / response to progesterone / lysozyme activity / response to estradiol / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / calcium ion binding / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Lactalbumin / Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lactalbumin / Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Li, T. / Zhang, T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31901638 中国
引用ジャーナル: Rsc Adv / 年: 2022
タイトル: Zinc binding strength of proteins dominants zinc uptake in Caco-2 cells.
著者: Li, T. / Jiao, R. / Ma, J. / Zang, J. / Zhao, G. / Zhang, T.
履歴
登録2022年1月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-lactalbumin
B: Alpha-lactalbumin
C: Alpha-lactalbumin
D: Alpha-lactalbumin
E: Alpha-lactalbumin
F: Alpha-lactalbumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,21613
ポリマ－83,7586
非ポリマー4587
水97354
1
A: Alpha-lactalbumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0252
ポリマ－13,9601
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6530 Å2
手法PISA
2
B: Alpha-lactalbumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0252
ポリマ－13,9601
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6540 Å2
手法PISA
3
C: Alpha-lactalbumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0252
ポリマ－13,9601
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6580 Å2
手法PISA
4
D: Alpha-lactalbumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0252
ポリマ－13,9601
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6700 Å2
手法PISA
5
E: Alpha-lactalbumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0252
ポリマ－13,9601
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area6550 Å2
手法PISA
6
F: Alpha-lactalbumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0913
ポリマ－13,9601
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.837, 92.837, 66.173
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-202-

ZN

-
要素

#1: タンパク質
Alpha-lactalbumin / Lactose synthase B protein


分子量: 13959.710 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00711
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.56 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2% PEG400, 100 mM Tris/HCl pH 8.5, 2 M Lithium sulfate, 5 mM Zinc chlorid

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.41
反射解像度: 2.5→38.001 Å / Num. obs: 22055 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 3.58 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Num. unique obs: 2227 / CC1/2: 0.979

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F6S

1f6s


解像度: 2.5→38.001 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 53.98 / 位相誤差: 33.9 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2216 1185 5.37 %
Rwork0.144 20864 -
obs0.1602 22055 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 117.6 Å2 / Biso mean: 37.3846 Å2 / Biso min: 14.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→38.001 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5829 0 7 54 5890
Biso mean--48.54 36.29 -
残基数----725
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5001-2.61380.27081730.2498257694
2.6138-2.75150.27751230.2211264695
2.7515-2.92370.29271520.2142262894
2.9237-3.14910.27251620.1911256394
3.1491-3.46540.2581240.1744263995
3.4654-3.96550.19781650.1466257594
3.9655-4.9910.1921190.1037265196
4.991-6.94420.23921620.125258694

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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