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- PDB-7wq5: Crystal structure of Arabidopsis transcriptional factor WRINKLED1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wq5
タイトルCrystal structure of Arabidopsis transcriptional factor WRINKLED1 with dsDNA
要素
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*C)-3')
  • Ethylene-responsive transcription factor WRI1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / transcriptional factor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cutin biosynthetic process / triglyceride biosynthetic process / regulation of carbohydrate metabolic process / ethylene-activated signaling pathway / response to sucrose / regulation of glycolytic process / lipid biosynthetic process / lipid metabolic process / kinase binding / DNA-binding transcription factor activity ...positive regulation of cutin biosynthetic process / triglyceride biosynthetic process / regulation of carbohydrate metabolic process / ethylene-activated signaling pathway / response to sucrose / regulation of glycolytic process / lipid biosynthetic process / lipid metabolic process / kinase binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
AP2/ERF domain superfamily / AP2/ERF domain profile. / DNA-binding domain in plant proteins such as APETALA2 and EREBPs / AP2 domain / AP2/ERF domain / DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / DNA / DNA (> 10) / Ethylene-responsive transcription factor WRI1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Zhu, Q. / Gao, Y.G.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Molecular basis of the key regulator WRINKLED1 in plant oil biosynthesis.
著者: Qiao, Z. / Kong, Q. / Tee, W.T. / Lim, A.R.Q. / Teo, M.X. / Olieric, V. / Low, P.M. / Yang, Y. / Qian, G. / Ma, W. / Gao, Y.G.
履歴
登録2022年1月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ethylene-responsive transcription factor WRI1
B: Ethylene-responsive transcription factor WRI1
F: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*A)-3')
E: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9017
ポリマ－87,8836
非ポリマー181
水36020
1
A: Ethylene-responsive transcription factor WRI1
C: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9604
ポリマ－43,9423
非ポリマー181
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6570 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area15380 Å2
手法PISA
2
B: Ethylene-responsive transcription factor WRI1
F: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*A)-3')
E: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9423
ポリマ－43,9423
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area15230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.520, 132.050, 124.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Space group name HallC22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z
#8: -x+1/2,-y+1/2,z

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要素

#1: タンパク質 Ethylene-responsive transcription factor WRI1 / Protein ACTIVATOR OF SPORAMIN::LUC 1 / Protein WRINKLED 1


分子量: 29202.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: WRI1, ASML1, At3g54320, T12E18.10, T12E18.20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6X5Y6
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*A)-3')


分子量: 7516.880 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*C)-3')


分子量: 7222.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#4: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.11 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: PEG 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→40 Å / Num. obs: 32013 / % possible obs: 99.46 % / 冗長度: 26 % / Biso Wilson estimate: 71.98 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 32.27
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 26 % / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / Num. unique obs: 3176 / CC1/2: 0.708 / Rrim(I) all: 2.85 / % possible all: 99.81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20rc2_4400精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→39.75 Å / SU ML: 0.4635 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 38.4836
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2771 1599 5.01 %
Rwork0.2426 30342 -
obs0.2443 31941 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 81.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→39.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2663 1968 1 20 4652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00684930
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91327072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481756
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087569
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d32.00491329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.430.45111430.39962720X-RAY DIFFRACTION99.83
2.43-2.510.45231450.40992751X-RAY DIFFRACTION99.76
2.51-2.610.50231440.42022723X-RAY DIFFRACTION99.86
2.61-2.730.42011430.37382722X-RAY DIFFRACTION99.97
2.73-2.880.39431460.3522761X-RAY DIFFRACTION99.73
2.88-3.060.39471430.34572719X-RAY DIFFRACTION99.58
3.06-3.290.36141430.31232707X-RAY DIFFRACTION97.57
3.29-3.620.30581430.26422720X-RAY DIFFRACTION98.66
3.62-4.150.26711460.23782780X-RAY DIFFRACTION99.63
4.15-5.220.22411480.21272809X-RAY DIFFRACTION99.86
5.22-39.750.20531550.17142930X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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