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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wpj | |||||||||
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タイトル | Methionyl-tRNA synthetase from Staphylococcus aureus | |||||||||
![]() | Methionine--tRNA ligase | |||||||||
![]() | LIGASE / Inhibitor | |||||||||
機能・相同性 | ![]() methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Yi, J. / Cai, Z. / Qiu, H. / Lu, F. / Chen, B. / Luo, Z. / Gu, Q. / Xu, J. / Zhou, H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Fragment screening and structural analyses highlight the ATP-assisted ligand binding for inhibitor discovery against type 1 methionyl-tRNA synthetase. 著者: Yi, J. / Cai, Z. / Qiu, H. / Lu, F. / Luo, Z. / Chen, B. / Gu, Q. / Xu, J. / Zhou, H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 82.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7wpiC ![]() 7wpkC ![]() 7wplC ![]() 7wpmC ![]() 7wpnC ![]() 7wptC ![]() 7wpxC ![]() 7wq0C ![]() 4qreS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61103.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: COL / 遺伝子: metG / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.85 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: sodium cacodylate, PEG 3350 / PH範囲: 6.2-7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→59.73 Å / Num. obs: 14046 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.07 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / Num. unique obs: 1402 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4QRE 解像度: 2.65→59.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.409 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 62.18 Å2 / Biso mean: 21.23 Å2 / Biso min: 5.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.65→59.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.719 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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