PDB-7wp3: Crystal structure of the complex of proliferating cell nuclear an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wp3

タイトル

Crystal structure of the complex of proliferating cell nuclear antigen (PCNA) from Leishmania donovani with 1,5-Bis (4-amidinophenoxy) pentane (PNT) at 2.95 A resolution

要素

Proliferating cell nuclear antigen

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / PCNA / PCNA-PNT Complex / Leishmania donovani

機能・相同性

機能・相同性情報

PCNA complex / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / mismatch repair / translesion synthesis / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.954 Å

データ登録者

Ahmad, M.I. / Yadav, S.P. / Singh, P.K. / Sharma, P. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the complex of proliferating cell nuclear antigen (PCNA) from Leishmania donovani with 1,5-Bis (4-amidinophenoxy) pentane (PNT) at 2.95 A resolution
著者: Ahmad, M.I. / Yadav, S.P. / Singh, P.K. / Sharma, P. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2022年1月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2022年6月15日	ID: 5B7O
改定 1.0	2022年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wp3.cif.gz	300.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wp3.ent.gz	240 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wp3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7wp3_validation.pdf.gz	964.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7wp3_full_validation.pdf.gz	985.4 KB	表示
XML形式データ	7wp3_validation.xml.gz	52.6 KB	表示
CIF形式データ	7wp3_validation.cif.gz	71.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/7wp3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/7wp3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5b7o PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (8) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Proliferating cell nuclear antigen

B: Proliferating cell nuclear antigen

C: Proliferating cell nuclear antigen

D: Proliferating cell nuclear antigen

E: Proliferating cell nuclear antigen

F: Proliferating cell nuclear antigen

ヘテロ分子

192 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Proliferating cell nuclear antigen

D: Proliferating cell nuclear antigen

E: Proliferating cell nuclear antigen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Proliferating cell nuclear antigen

C: Proliferating cell nuclear antigen

F: Proliferating cell nuclear antigen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.024, 150.664, 170.547
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Proliferating cell nuclear antigen 分子量: 31870.076 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア) 遺伝子: PCNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5TV91
#2: 化合物	ChemComp-PNT / 1,5-BIS(4-AMIDINOPHENOXY)PENTANE / ペンタミジン分子量: 340.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₄N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗菌剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 20% PEG 3350, 200mM sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月28日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→43.49 Å / Num. obs: 72691 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.9 % / R_sym value: 0.12 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.95→3.03 Å / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4451 / % possible all: 84.52

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5B7O

5b7o
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.954→43.485 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.432 / ESU R Free: 0.31 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2567	1437	1.977 %
R_work	0.211	71254	-
all	0.212	-	-
obs	-	72691	98.807 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 90.593 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.136 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.044 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.954→43.485 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11514	0	50	64	11628

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	11734
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.015	11232
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.31	1.632	15828
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.291	1.58	25902
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.864	5	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.76	23.368	570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.815	10	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.375	15	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.342	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	13198
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	2401
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.231	0.2	10927
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	5791
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.068	0.2	5146
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.078	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.468	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.505	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.359	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.424	9.071	5940
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.425	9.069	5939
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	11.062	13.605	7404
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	11.062	13.607	7405
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.336	10.17	5794
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.33	10.168	5792
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	14.274	14.842	8424
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	14.274	14.842	8424
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	19.41	175.601	47001
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	19.41	175.6	46998

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.954-3.03	0.371	98	0.404	4426	0.403	5357	0.472	0.439	84.4502	0.405
3.03-3.113	0.391	100	0.388	5120	0.388	5230	0.526	0.529	99.8088	0.391
3.113-3.203	0.342	86	0.357	4990	0.357	5077	0.661	0.666	99.9803	0.354
3.203-3.301	0.354	107	0.325	4851	0.325	4958	0.708	0.739	100	0.314
3.301-3.408	0.37	103	0.294	4647	0.295	4750	0.758	0.789	100	0.275
3.408-3.527	0.314	87	0.268	4554	0.269	4641	0.835	0.839	100	0.246
3.527-3.659	0.288	92	0.256	4385	0.257	4477	0.872	0.89	100	0.233
3.659-3.808	0.307	76	0.225	4253	0.226	4329	0.871	0.913	100	0.2
3.808-3.975	0.25	82	0.202	4076	0.203	4158	0.923	0.927	100	0.175
3.975-4.168	0.252	78	0.186	3884	0.187	3962	0.91	0.935	100	0.154
4.168-4.391	0.257	83	0.169	3706	0.171	3789	0.914	0.948	100	0.141
4.391-4.654	0.214	75	0.14	3523	0.142	3598	0.944	0.964	100	0.12
4.654-4.972	0.161	59	0.14	3322	0.141	3381	0.962	0.963	100	0.123
4.972-5.364	0.209	47	0.154	3110	0.154	3157	0.948	0.956	100	0.134
5.364-5.867	0.245	69	0.184	2878	0.186	2947	0.929	0.944	100	0.16
5.867-6.545	0.273	62	0.219	2608	0.221	2670	0.933	0.924	100	0.195
6.545-7.529	0.269	49	0.203	2329	0.205	2378	0.916	0.936	100	0.183
7.529-9.153	0.171	41	0.152	1990	0.152	2031	0.963	0.965	100	0.152
9.153-12.666	0.203	27	0.157	1602	0.158	1629	0.957	0.967	100	0.166
12.666-43.485	0.269	16	0.298	1000	0.297	1020	0.95	0.927	99.6078	0.32

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)