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- PDB-7woo: Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7woo
タイトルCryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex
要素
  • Nucleoporin NIC96
  • Nucleoporin NSP1
  • Nucleoporin NUP157
  • Nucleoporin NUP170
  • Nucleoporin NUP188
  • Nucleoporin NUP192
  • Nucleoporin NUP49/NSP49
  • Nucleoporin NUP57
キーワードTRANSPORT PROTEIN / nuclear pore complex / inner ring / protomer / Saccharomyces cerevisiae
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pore linkers / mRNA export from nucleus in response to heat stress / chromosome, subtelomeric region / protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore inner ring / regulation of nucleocytoplasmic transport / nuclear pore central transport channel / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore complex assembly / telomere tethering at nuclear periphery ...nuclear pore linkers / mRNA export from nucleus in response to heat stress / chromosome, subtelomeric region / protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore inner ring / regulation of nucleocytoplasmic transport / nuclear pore central transport channel / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore complex assembly / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore organization / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear pore nuclear basket / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins / NLS-bearing protein import into nucleus / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of RNA binding proteins / nuclear localization sequence binding / RNA export from nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / ribosomal large subunit export from nucleus / mRNA transport / nuclear pore / ribosomal small subunit export from nucleus / nuclear periphery / chromosome segregation / promoter-specific chromatin binding / molecular condensate scaffold activity / phospholipid binding / protein import into nucleus / nuclear envelope / protein transport / heterochromatin formation / nuclear membrane / amyloid fibril formation / chromatin binding / protein-containing complex binding / DNA binding / RNA binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear pore protein Nup188, C-terminal / Nuclear pore protein NUP188 C-terminal domain / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin p58/p45 / Nucleoporin Nup188 / : / Nucleoporin Nup188, N-terminal subdomain III / Nucleoporin Nup54/Nup57/Nup44 / Nucleoporin Nup54, alpha-helical domain ...Nuclear pore protein Nup188, C-terminal / Nuclear pore protein NUP188 C-terminal domain / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin p58/p45 / Nucleoporin Nup188 / : / Nucleoporin Nup188, N-terminal subdomain III / Nucleoporin Nup54/Nup57/Nup44 / Nucleoporin Nup54, alpha-helical domain / Nucleoporin complex subunit 54 / Nucleoporin, NSP1-like, C-terminal / Nucleoporin NSP1/NUP62 / Nsp1-like C-terminal region / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 1 / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 2 / Nucleoporin, Nup155-like / Nucleoporin Nup186/Nup192/Nup205 / Nuclear pore complex scaffold, nucleoporins 186/192/205 / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, C-terminal / Non-repetitive/WGA-negative nucleoporin C-terminal / Nucleoporin interacting component Nup93/Nic96 / Nup93/Nic96 / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NSP1 / Nucleoporin NIC96 / Nucleoporin NUP170 / Nucleoporin NUP157 / Nucleoporin NUP192 / Nucleoporin NUP57 / Nucleoporin NUP188 / Nucleoporin NUP49/NSP49
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.71 Å
データ登録者Li, Z.Q. / Chen, S.J.B. / Zhao, L. / Sui, S.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2022
タイトル: Near-atomic structure of the inner ring of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex.
著者: Zongqiang Li / Shuaijiabin Chen / Liang Zhao / Guoqiang Huang / Xiong Pi / Shan Sun / Peiyi Wang / Sen-Fang Sui /
要旨: Nuclear pore complexes (NPCs) mediate bidirectional nucleocytoplasmic transport of substances in eukaryotic cells. However, the accurate molecular arrangement of NPCs remains enigmatic owing to their ...Nuclear pore complexes (NPCs) mediate bidirectional nucleocytoplasmic transport of substances in eukaryotic cells. However, the accurate molecular arrangement of NPCs remains enigmatic owing to their huge size and highly dynamic nature. Here we determined the structure of the asymmetric unit of the inner ring (IR monomer) at 3.73 Å resolution by single-particle cryo-electron microscopy, and created an atomic model of the intact IR consisting of 192 molecules of 8 nucleoporins. In each IR monomer, the Z-shaped Nup188-Nup192 complex in the middle layer is sandwiched by two approximately parallel rhomboidal structures in the inner and outer layers, while Nup188, Nup192 and Nic96 link all subunits to constitute a relatively stable IR monomer. In contrast, the intact IR is assembled by loose and instable interactions between IR monomers. These structures, together with previously reported structural information of IR, reveal two distinct interaction modes between IR monomers and extensive flexible connections in IR assembly, providing a structural basis for the stability and malleability of IR.
履歴
登録2022年1月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月26日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin NIC96
C: Nucleoporin NUP157
D: Nucleoporin NUP170
E: Nucleoporin NUP188
F: Nucleoporin NUP192
G: Nucleoporin NUP49/NSP49
H: Nucleoporin NUP57
I: Nucleoporin NSP1
J: Nucleoporin NUP49/NSP49
K: Nucleoporin NUP57
L: Nucleoporin NSP1
Z: Nucleoporin NIC96


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,286,20112
ポリマ－1,286,20112
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 8種, 12分子 AZCDEFGJHKIL

#1: タンパク質 Nucleoporin NIC96 / 96 kDa nucleoporin-interacting component / Nuclear pore protein NIC96


分子量: 96291.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P34077
#2: タンパク質 Nucleoporin NUP157 / Nuclear pore protein NUP157


分子量: 156827.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40064
#3: タンパク質 Nucleoporin NUP170 / Nuclear pore protein NUP170


分子量: 169651.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38181
#4: タンパク質 Nucleoporin NUP188 / Nuclear pore protein NUP188


分子量: 188753.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P52593
#5: タンパク質 Nucleoporin NUP192 / Nuclear pore protein NUP192


分子量: 191718.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47054
#6: タンパク質 Nucleoporin NUP49/NSP49 / Nuclear pore protein NUP49/NSP49


分子量: 49174.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02199
#7: タンパク質 Nucleoporin NUP57 / Nuclear pore protein NUP57


分子量: 57547.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P48837
#8: タンパク質 Nucleoporin NSP1 / Nuclear pore protein NSP1 / Nucleoskeletal-like protein / p110


分子量: 86611.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14907

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #4 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1266268 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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