PDB-7wol: Crystal structure of lipase TrLipB from Thermomocrobium roseum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wol

タイトル

Crystal structure of lipase TrLipB from Thermomocrobium roseum

要素

Lipase

キーワード

HYDROLASE / Lipid degradation / Lipid metabolism

機能・相同性

: / Alpha/beta hydrolase fold-3 / lipase activity / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / SUCCINIC ACID / Lipase

機能・相同性情報

生物種

Thermomicrobium roseum DSM 5159 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zhang, L. / Fang, Y. / Shi, Y. / Gu, Z. / Xin, Y.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of lipase TrLipB from Thermomocrobium roseum
著者: Fang, Y. / Xin, Y. / Shi, Y. / Gu, Z. / Zhang, L.

履歴

登録	2022年1月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wol.cif.gz	151 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wol.ent.gz	113.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wol.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7wol_validation.pdf.gz	487.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7wol_full_validation.pdf.gz	495.2 KB	表示
XML形式データ	7wol_validation.xml.gz	29.8 KB	表示
CIF形式データ	7wol_validation.cif.gz	43.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/7wol ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/7wol	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1lzkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lipase

B: Lipase

ヘテロ分子

75.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.402, 129.402, 122.792
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Lipase 分子量: 36696.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermomicrobium roseum DSM 5159 (バクテリア) 株: ATCC 27502 / DSM 5159 / P-2 / 遺伝子: trd_1687 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: B9L0X7

-
非ポリマー , 5種, 437分子

#2: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1M Succinic acid,0.1M HEPES,7,1% w/vPEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→45.75 Å / Num. obs: 70819 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 22.8
反射シェル	解像度: 2→2.04 Å / R_merge(I) obs: 0.821 / Num. unique obs: 4504

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1lzk

1lzk

解像度: 2→45.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 2.894 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1862	3497	4.943 %
R_work	0.1572	67247	-
all	0.159	-	-
obs	-	70744	99.983 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.717 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.717 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.433 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→45.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4948	0	110	417	5475

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	5190
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	5005
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.454	1.649	7055
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.319	1.57	11461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.212	5	641
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.203	19.799	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.394	15	768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.61	15	61
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	639
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5840
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	4752
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	2484
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	2368
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	379
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.026	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.225	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.259	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.593	3.838	2555
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.592	3.836	2554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.596	5.741	3190
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.596	5.743	3191
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.562	4.356	2635
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.561	4.357	2636
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.397	6.329	3862
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.396	6.331	3863
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.089	46.555	5806
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7	46.074	5697

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.231	270	0.23	4911	X-RAY DIFFRACTION	99.9807
2.052-2.108	0.252	243	0.21	4774	X-RAY DIFFRACTION	99.9801
2.108-2.169	0.216	232	0.187	4660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.236	0.198	199	0.178	4555	X-RAY DIFFRACTION	100
2.236-2.309	0.184	191	0.163	4409	X-RAY DIFFRACTION	100
2.309-2.39	0.209	213	0.154	4242	X-RAY DIFFRACTION	99.9776
2.39-2.48	0.19	220	0.156	4117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.582	0.191	220	0.165	3940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.582-2.696	0.176	233	0.155	3774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.696-2.828	0.202	205	0.16	3613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.828-2.981	0.192	176	0.16	3477	X-RAY DIFFRACTION	100
2.981-3.161	0.227	163	0.162	3306	X-RAY DIFFRACTION	100
3.161-3.379	0.204	166	0.171	3087	X-RAY DIFFRACTION	100
3.379-3.649	0.18	131	0.155	2930	X-RAY DIFFRACTION	100
3.649-3.997	0.159	166	0.145	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.997-4.468	0.163	142	0.129	2425	X-RAY DIFFRACTION	100
4.468-5.157	0.151	122	0.123	2154	X-RAY DIFFRACTION	100
5.157-6.311	0.207	82	0.166	1872	X-RAY DIFFRACTION	100
6.311-8.904	0.183	70	0.147	1482	X-RAY DIFFRACTION	100
8.904-45.75	0.166	53	0.173	871	X-RAY DIFFRACTION	99.0354

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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