[日本語] English
万見
- PDB-7wnw: Crystal structure of Imine Reductase Mutant(M5) from Actinoallote... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wnw
タイトルCrystal structure of Imine Reductase Mutant(M5) from Actinoalloteichus hymeniacidonis in complex with NADPH
要素3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like beta-hydroxyacid dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Imine Reductase / NADPH / IRED
機能・相同性
機能・相同性情報


organic acid catabolic process / NADP binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like beta-hydroxyacid dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Actinoalloteichus hymeniacidonis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Zhand, J. / Chen, R. / Gao, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)NSF:31872614 中国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Tuning an Imine Reductase for the Asymmetric Synthesis of Azacycloalkylamines by Concise Structure-Guided Engineering.
著者: Zhang, J. / Liao, D. / Chen, R. / Zhu, F. / Ma, Y. / Gao, L. / Qu, G. / Cui, C. / Sun, Z. / Lei, X. / Gao, S.S.
履歴
登録2022年1月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like beta-hydroxyacid dehydrogenase
A: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like beta-hydroxyacid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0084
ポリマ－70,5212
非ポリマー1,4872
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11270 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area20970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.555, 62.444, 93.316
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.753, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-647-

HOH

21B-648-

HOH

31A-590-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.0894983784118, -0.991112501302, 0.0984177322674), (-0.989070171147, 0.0768165455724, -0.125854737191), (0.117176093163, -0.108605838192, -0.987154767553)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.0894983784118, -0.991112501302, 0.0984177322674), (-0.989070171147, 0.0768165455724, -0.125854737191), (0.117176093163, -0.108605838192, -0.987154767553)
ベクター: -49.1920397286, -42.0559138619, 26.8432666575)

-
要素

#1: タンパク質 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like beta-hydroxyacid dehydrogenase / Imine Reductase


分子量: 35260.660 Da / 分子数: 2
変異: N101T,G125K,H169A,L177I,F187I,M218A,S240F,M244H,A247H,N251K
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinoalloteichus hymeniacidonis (バクテリア)
遺伝子: BKA25_002661 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D8BXU6
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.26 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.25M ammonium sulfate, 0.1M MES buffer pH 6.0, 25% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→31.22 Å / Num. obs: 38516 / % possible obs: 99.14 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 25.98 Å2 / CC1/2: 0.924 / Net I/σ(I): 4.31
反射 シェル解像度: 2.13→2.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / Num. unique obs: 3792 / CC1/2: 0.231

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7WNN

7wnn


解像度: 2.13→31.22 Å / SU ML: 0.2917 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.935
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2596 1855 4.82 %
Rwork0.2033 36661 -
obs0.206 38516 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→31.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4264 0 96 251 4611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00694455
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89676100
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0512716
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072782
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.5635628
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.13-2.180.31051350.26182703X-RAY DIFFRACTION95.39
2.18-2.250.34511280.25122764X-RAY DIFFRACTION98.53
2.25-2.320.28331560.24232818X-RAY DIFFRACTION98.64
2.32-2.40.32091290.23152795X-RAY DIFFRACTION98.82
2.4-2.50.30681440.23092816X-RAY DIFFRACTION99.23
2.5-2.610.28921430.22442822X-RAY DIFFRACTION99.1
2.61-2.750.30031340.21782802X-RAY DIFFRACTION99.22
2.75-2.920.31531610.22082809X-RAY DIFFRACTION99.43
2.92-3.150.24371530.20782811X-RAY DIFFRACTION99.63
3.15-3.470.24961440.20372857X-RAY DIFFRACTION99.6
3.47-3.970.22481320.17662848X-RAY DIFFRACTION99.73
3.97-4.990.20951380.17262877X-RAY DIFFRACTION99.7
5-31.220.23391580.18442939X-RAY DIFFRACTION99.77

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る