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万見
- PDB-7wnq: Cryo-EM structure of AtSLAC1 S59A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wnq
タイトルCryo-EM structure of AtSLAC1 S59A mutant
要素Guard cell S-type anion channel SLAC1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / anion channel / SLAC1 / stomata / guard cell
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic anion transport / response to humidity / stomatal closure / regulation of stomatal opening / voltage-gated monoatomic anion channel activity / regulation of stomatal closure / stomatal movement / response to ozone / intracellular monoatomic ion homeostasis / response to carbon dioxide ...inorganic anion transport / response to humidity / stomatal closure / regulation of stomatal opening / voltage-gated monoatomic anion channel activity / regulation of stomatal closure / stomatal movement / response to ozone / intracellular monoatomic ion homeostasis / response to carbon dioxide / monoatomic anion transmembrane transporter activity / response to abscisic acid / multicellular organismal-level water homeostasis / organic anion transport / abscisic acid-activated signaling pathway / monoatomic anion transport / response to light stimulus / protein phosphatase binding / protein kinase binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
S-type anion channel / Transporter protein SLAC1/Mae1/ Ssu1/TehA / Voltage-dependent anion channel superfamily / Voltage-dependent anion channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Guard cell S-type anion channel SLAC1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
Model detailscryo-EM analysis of the plant S-type anion chennel
データ登録者Sun, L. / Liu, X. / Li, Y.
資金援助 中国, 6件
組織認可番号国
Other governmentXDB37020103 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900885 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870732 中国
Other government2008085MC90 中国
Other government2008085J15 中国
Other governmentYD9100002004 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of the Arabidopsis guard cell anion channel SLAC1 suggests activation mechanism by phosphorylation.
著者: Yawen Li / Yinan Ding / Lili Qu / Xinru Li / Qinxuan Lai / Pingxia Zhao / Yongxiang Gao / Chengbin Xiang / Chunlei Cang / Xin Liu / Linfeng Sun /
要旨: Stomata play a critical role in the regulation of gas exchange and photosynthesis in plants. Stomatal closure participates in multiple stress responses, and is regulated by a complex network ...Stomata play a critical role in the regulation of gas exchange and photosynthesis in plants. Stomatal closure participates in multiple stress responses, and is regulated by a complex network including abscisic acid (ABA) signaling and ion-flux-induced turgor changes. The slow-type anion channel SLAC1 has been identified to be a central controller of stomatal closure and phosphoactivated by several kinases. Here, we report the structure of SLAC1 in Arabidopsis thaliana (AtSLAC1) in an inactivated, closed state. The cytosolic amino (N)-terminus and carboxyl (C)-terminus of AtSLAC1 are partially resolved and form a plug-like structure which packs against the transmembrane domain (TMD). Breaking the interactions between the cytosolic plug and transmembrane domain triggers channel activation. An inhibition-release model is proposed for SLAC1 activation by phosphorylation that the cytosolic plug dissociates from the transmembrane domain upon phosphorylation, and induces conformational changes to open the pore. These findings facilitate our understanding of the regulation of SLAC1 activity and stomatal aperture in plants.
履歴
登録2022年1月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月26日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guard cell S-type anion channel SLAC1
B: Guard cell S-type anion channel SLAC1
C: Guard cell S-type anion channel SLAC1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,9353
ポリマ－189,9353
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Guard cell S-type anion channel SLAC1 / Protein CARBON DIOXIDE INSENSITIVE 3 / Protein OZONE-SENSITIVE 1 / Protein RADICAL-INDUCED CELL ...Protein CARBON DIOXIDE INSENSITIVE 3 / Protein OZONE-SENSITIVE 1 / Protein RADICAL-INDUCED CELL DEATH 3 / Protein SLOW ANION CHANNEL-ASSOCIATED 1


分子量: 63311.742 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SLAC1, CDI3, OZS1, RCD3, At1g12480, F5O11.23, T12C24.3
プラスミド: pCAG / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9LD83

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Trimeric structure of the anion channel SLAC1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア名称: cryoSPARC / バージョン: 3.2.0 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 264751 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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