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- PDB-7wno: Crystallographic structure of copper amine oxidase from Arthrobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wno
タイトルCrystallographic structure of copper amine oxidase from Arthrobacter glibiformis at pD 7.4 determined by only neutron diffraction data.
要素Phenylethylamine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / topaquinone / TPQ
機能・相同性
機能・相同性情報


primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
: / AGAO-like N2 domain / : / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / : / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase, N-terminal / Copper amine oxidase, catalytic domain superfamily / Copper amine oxidase, enzyme domain
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / DEUTERATED WATER / Phenylethylamine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter globiformis (バクテリア)
手法中性子回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Murakawa, T. / Okajima, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP26440037 日本
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: Re-evaluation of protein neutron crystallography with and without X-ray/neutron joint refinement.
著者: Murakawa, T. / Kurihara, K. / Adachi, M. / Kusaka, K. / Tanizawa, K. / Okajima, T.
履歴
登録2022年1月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Phenylethylamine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0572
ポリマ－68,9941
非ポリマー641
水20,0691114
1
X: Phenylethylamine oxidase
ヘテロ分子

X: Phenylethylamine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,1154
ポリマ－137,9882
非ポリマー1272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area15390 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area39840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.548, 61.779, 92.232
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-1103-

DOD

21X-1220-

DOD

31X-1339-

DOD

41X-1589-

DOD

51X-1670-

DOD

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要素

#1: タンパク質 Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase


分子量: 68993.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1114 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 289 K / 手法: microdialysis
詳細: 1.05-M potassium sodium (Na) tartrate in 25-mM 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid buffer

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SPALLATION SOURCE / サイト: JPARC MLF / ビームライン: BL-03 / タイプ: J-PARC MLF BEAMLINE BL-03 / 波長: 3.0-5.7
検出器タイプ: iBIX / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 2015年11月10日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: neutron
放射波長
ID波長 (Å)相対比
131
25.71
反射解像度: 1.72→20.94 Å / Num. obs: 76306 / % possible obs: 87.4 % / 冗長度: 2.664 % / Net I/σ(I): 4.99
反射 シェル解像度: 1.72→1.78 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
HKL-2000データ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.72→20.94 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 25.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 3814 5 %
Rwork0.163 --
obs0.168 76241 87.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.00613232
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.14121005
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4943123
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065764
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082305
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.72-1.740.3386990.26391877NEUTRON DIFFRACTION62
1.74-1.760.35651090.28352057NEUTRON DIFFRACTION67
1.76-1.790.39611150.27062207NEUTRON DIFFRACTION73
1.79-1.810.38551210.26142291NEUTRON DIFFRACTION75
1.81-1.840.34021260.24812400NEUTRON DIFFRACTION78
1.84-1.870.33611260.23362396NEUTRON DIFFRACTION78
1.87-1.90.2961280.21542417NEUTRON DIFFRACTION80
1.9-1.930.30861320.20772514NEUTRON DIFFRACTION81
1.93-1.970.29471360.20852597NEUTRON DIFFRACTION85
1.97-2.010.31271370.20512589NEUTRON DIFFRACTION86
2.01-2.050.31981430.19332733NEUTRON DIFFRACTION89
2.05-2.090.30141460.1882766NEUTRON DIFFRACTION90
2.09-2.140.26681480.17972817NEUTRON DIFFRACTION92
2.14-2.190.32331510.17292867NEUTRON DIFFRACTION94
2.19-2.250.28611470.1622769NEUTRON DIFFRACTION91
2.25-2.320.25941470.14572805NEUTRON DIFFRACTION92
2.32-2.390.24341540.13792919NEUTRON DIFFRACTION95
2.39-2.480.21531560.14542977NEUTRON DIFFRACTION96
2.48-2.580.25231540.15152944NEUTRON DIFFRACTION96
2.58-2.70.30291580.15382991NEUTRON DIFFRACTION97
2.7-2.840.241590.1573019NEUTRON DIFFRACTION98
2.84-3.020.23811590.15153016NEUTRON DIFFRACTION98
3.02-3.250.22051600.13983047NEUTRON DIFFRACTION98
3.25-3.570.21241560.1222955NEUTRON DIFFRACTION96
3.57-4.090.18991550.11292961NEUTRON DIFFRACTION96
4.09-5.130.18181530.11212879NEUTRON DIFFRACTION92
5.14-20.940.20921390.14082617NEUTRON DIFFRACTION82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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