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- PDB-7wnl: Crystal structure of a mutant Staphylococcus equorum manganese su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wnl
タイトルCrystal structure of a mutant Staphylococcus equorum manganese superoxide dismutase K38R and A121Y
要素Superoxide dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / superoxide dismutase / Staphylococcus equorum
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / BROMIDE ION / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Superoxide dismutase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus equorum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Retnoningrum, D.S. / Yoshida, H. / Artarini, A.A. / Ismaya, W.T.
資金援助Indonesia, 1件
組織認可番号国
Other government079/E4.1/AK.04.PT/2021Indonesia
引用
ジャーナル: Appl.Biochem.Biotechnol. / 年: 2023
タイトル: Introducing Intermolecular Interaction to Strengthen the Stability of MnSOD Dimer.
著者: Retnoningrum, D.S. / Yoshida, H. / Pajatiwi, I. / Muliadi, R. / Utami, R.A. / Artarini, A. / Ismaya, W.T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: The first crystal structure of manganese superoxide dismutase from the genus Staphylococcus.
著者: Retnoningrum, D.S. / Yoshida, H. / Arumsari, S. / Kamitori, S. / Ismaya, W.T.
履歴
登録2022年1月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title
改定 1.22023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase
B: Superoxide dismutase
C: Superoxide dismutase
D: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,24514
ポリマ－94,4894
非ポリマー75610
水21,0051166
1
A: Superoxide dismutase
B: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6627
ポリマ－47,2442
非ポリマー4185
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17920 Å2
手法PISA
2
C: Superoxide dismutase
D: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5827
ポリマ－47,2442
非ポリマー3385
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.926, 102.624, 179.017
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-723-

HOH

21D-628-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Superoxide dismutase


分子量: 23622.139 Da / 分子数: 4 / 変異: D13R, K38R, A121Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus equorum (バクテリア)
遺伝子: AST02_02815 / プラスミド: plasmid / 詳細 (発現宿主): pJExpress414 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1E5TT85, superoxide dismutase

-
非ポリマー , 6種, 1176分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: sodium fluoride, sodium bromide, sodium iodide, imidazole, MES, PEG MME 500, PEG 20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→45.93 Å / Num. obs: 144687 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 873802 / Scaling rejects: 74
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.51-1.545.80.7894141171240.7920.3620.869299.9
8.27-45.936.50.04363909850.9980.0180.04630.799.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5x2j

5x2j


解像度: 1.51→44.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.911 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2412 7045 4.9 %RANDOM
Rwork0.1714 ---
obs0.1747 137549 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 105.49 Å2 / Biso mean: 19.993 Å2 / Biso min: 8.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.38 Å2-0 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.51→44.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6490 0 34 1166 7690
Biso mean--28.33 33.12 -
残基数----799
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0136700
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0175830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2111.6359126
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3941.57413590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2715795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.2924.595383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.164151059
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.711520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2831
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.027551
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021373
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.847312528
LS精密化 シェル解像度: 1.51→1.549 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 568 -
Rwork0.243 10038 -
all-10606 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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