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万見
- PDB-7wnj: Crystal structure and Cap Binding analysis of the methyltransfera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wnj
タイトルCrystal structure and Cap Binding analysis of the methyltransferase of Langat virus
要素Core protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / methyltransferase / Langat virus / flavivirus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Genome polyprotein, Flavivirus / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus capsid protein C ...RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Genome polyprotein, Flavivirus / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Langat virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Chen, C. / Ruixue, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Not funded 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of NS5 Methyltransferase from Zika Virus
著者: Javier, C. / Rinku, J.
履歴
登録2022年1月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Core protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0972
ポリマ－29,7131
非ポリマー3841
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11700 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)35.722, 91.554, 98.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Core protein / Envelope protein E / Flavivirin protease NS2B regulatory subunit / Flavivirin protease NS3 ...Envelope protein E / Flavivirin protease NS2B regulatory subunit / Flavivirin protease NS3 catalytic subunit / Genome polyprotein / Matrix protein / Non-structural protein 1 / Non-structural protein 2A / Non-structural protein 2B / Non-structural protein 3 / Non-structural protein 4A / Non-structural protein 4B / Peptide 2k / Peptide pr / Protein prM / RNA-directed RNA polymerase NS5 / Serine protease NS3 / Serine protease subunit NS2B / Small envelope protein M


分子量: 29712.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Langat virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9IG39, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% glycerol; 0.1 M Tris, pH 8.0; and 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97891 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.78 Å / Num. obs: 35880 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 12.31 % / Biso Wilson estimate: 32.36 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 25.89
反射 シェル解像度: 1.702→1.763 Å / Num. unique obs: 3143 / CC1/2: 0.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OXT

2oxt


解像度: 1.7→19.78 Å / SU ML: 0.189 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.59 / 位相誤差: 21.957
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1986 1710 4.86 %
Rwork0.1809 33498 -
obs0.1817 35208 97.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2057 0 26 158 2241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00612126
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73692868
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0508307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073370
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4532791
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.750.31571320.30852397X-RAY DIFFRACTION86.23
1.75-1.810.29981530.2712825X-RAY DIFFRACTION99.8
1.81-1.870.29231410.25462823X-RAY DIFFRACTION99.7
1.87-1.950.23141450.21392816X-RAY DIFFRACTION99.73
1.95-2.040.2381440.20012814X-RAY DIFFRACTION99.33
2.04-2.140.21861470.19582839X-RAY DIFFRACTION99.14
2.14-2.280.21391530.18532797X-RAY DIFFRACTION98.4
2.28-2.450.2041230.18642804X-RAY DIFFRACTION97.76
2.45-2.70.23011160.20012820X-RAY DIFFRACTION96.87
2.7-3.090.21751350.20342812X-RAY DIFFRACTION96.72
3.09-3.890.17431460.16772867X-RAY DIFFRACTION97.76
3.89-19.780.17051750.14892884X-RAY DIFFRACTION94.47
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8487541051-1.021479272970.4891444690212.497345390281.915588425735.335466322690.0253146041756-0.7540812636520.1361949678781.395303269360.129970854045-1.20942118765-0.04720849478460.6711082541380.1113335850530.6341060555190.0145972944032-0.2140886007190.395882724578-0.09448975301390.43738551876925.06157177748.866626468129.3963218436
22.77893586530.549046591974-0.5085765135118.45385526866-2.184190522732.600373960470.122112853273-0.310943304766-0.04547041785440.9328277143360.2537761820891.2827190653-0.305089097017-0.222013620873-0.1747703982050.2992641693480.03430748294690.1081929970.3640159350240.08593308543830.4135325797949.1432733590528.406278755626.2131961742
33.80279590293-0.0341902800764-2.014983749678.70219628016-1.954424573084.72514053947-0.218204275365-0.0584624292929-0.413621761715-0.4398263467370.1717397069860.3374187977290.3859364391850.003031308236-0.04570114268570.183754740546-0.00793836983-0.03601723631260.2195995724850.06690407294170.34708787479512.58123786819.175576544720.276535285
42.47621990543-0.2886391286160.3948275627366.9318046007-2.11948147853.12950315805-0.01599101584630.201719634192-0.264190229569-1.22428509858-0.107422258395-0.6768357741310.5252013393250.1826771138840.03353526133680.3937140204620.04005234884180.108767009640.2886633461170.004135362607480.22149119545422.080915571533.14757963099.92133340602
52.170679751521.11287091481-0.3088586865448.53437652679-0.5048720451241.570461903950.06109795975910.006647566175470.1231378852270.194751478080.01924228679760.382609368289-0.111383626151-0.0332014488204-0.08140935469990.1916551609750.03596662099720.01480576622560.2662080165630.009033569648330.19005560433714.723215050544.752472057817.3464167418
62.838165742870.933623082836-0.8075320459165.95069086924-3.064919370991.281491698950.328061501805-0.41303441520.07678209306631.56713324335-0.02866707885471.34020248188-0.245142689969-0.307485226758-0.1976422308230.4261784715120.1097407455470.2067704481040.4755508208180.1034962072890.5797755238056.5302026317634.227881248429.092455734
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 5 through 28 )5 - 281 - 24
22chain 'A' and (resid 29 through 85 )29 - 8525 - 81
33chain 'A' and (resid 86 through 128 )86 - 12882 - 124
44chain 'A' and (resid 129 through 203 )129 - 203125 - 199
55chain 'A' and (resid 204 through 243 )204 - 243200 - 239
66chain 'A' and (resid 244 through 266 )244 - 266240 - 262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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