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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wmk | ||||||
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タイトル | PQQ-dependent alcohol dehydrogenase complexed with PQQ | ||||||
要素 | PQQ-dependent alcohol dehydrogenase | ||||||
キーワード | TOXIN / dehydrogenase / PQQ | ||||||
機能・相同性 | ACETATE ION / PYRROLOQUINOLINE QUINONE 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Devosia albogilva (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, M. / Yang, H. / Lv, F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2022 タイトル: Structure-Function Analysis of a Quinone-Dependent Dehydrogenase Capable of Deoxynivalenol Detoxification. 著者: Yang, H. / Yan, R. / Li, Y. / Lu, Z. / Bie, X. / Zhao, H. / Lu, F. / Chen, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wmk.cif.gz | 309.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wmk.ent.gz | 251.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wmk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7wmk_validation.pdf.gz | 844.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7wmk_full_validation.pdf.gz | 846.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7wmk_validation.xml.gz | 24.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7wmk_validation.cif.gz | 36.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/7wmk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/7wmk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7wmdSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 61908.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Devosia albogilva (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-非ポリマー , 7種, 325分子
#2: 化合物 | ChemComp-PQQ / | ||||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 化合物 | ChemComp-EPE / | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.47 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 詳細: 250mM Sodium acetate, 100mM BIS-Tris (pH 7.5), 150mM NaCl, 15% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.47→47.25 Å / Num. obs: 95115 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.16 |
反射 シェル | 解像度: 1.47→1.54 Å / Num. unique obs: 15196 / CC1/2: 0.894 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7WMD 解像度: 1.47→44.151 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 12.16 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 113.9 Å2 / Biso mean: 21.9791 Å2 / Biso min: 0.69 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.47→44.151 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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