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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wmd | ||||||
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タイトル | PQQ-dependent alcohol dehydrogenase detoxifying DON | ||||||
![]() | PQQ-dependent alcohol dehydrogenase | ||||||
![]() | TOXIN / Dehydrogenase / PQQ | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, M. / Yang, H. / Lv, F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-Function Analysis of a Quinone-Dependent Dehydrogenase Capable of Deoxynivalenol Detoxification. 著者: Yang, H. / Yan, R. / Li, Y. / Lu, Z. / Bie, X. / Zhao, H. / Lu, F. / Chen, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 124 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61908.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 詳細: 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M BIS-Tris pH 5.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40.43 Å / Num. obs: 37502 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.63 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 15.33 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.071 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.41 / Num. unique obs: 5902 / CC1/2: 0.942 / % possible all: 97 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4CVB 解像度: 2→40.43 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.32 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 67.99 Å2 / Biso mean: 21.8135 Å2 / Biso min: 0.31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→40.43 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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