PDB-7wm1: Cryo-EM structure of AKT1-AtKC1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wm1

タイトル

Cryo-EM structure of AKT1-AtKC1

要素

Potassium channel AKT1
Potassium channel KAT3

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / VGIC / Plant Channel

機能・相同性

機能・相同性情報

root hair elongation / regulation of stomatal closure / response to water deprivation / inward rectifier potassium channel activity / response to nematode / potassium ion import across plasma membrane / voltage-gated potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / response to salt stress / potassium ion transmembrane transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Dongliang, L. / Zijie, Z. / Yannan, Q. / Yuyue, T. / Huaizong, S.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Plant Commun / 年: 2025
タイトル: AtKC1 inhibits AKT1 activation via its amino-terminal inhibitory domain.
著者: Zijie Zheng / Yannan Qu / Jiexin Chen / Yuyue Tang / Dongliang Liu / Zhuo Huang / Huaizong Shen /

履歴

登録	2022年1月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2023年1月25日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2023年1月25日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2023年1月25日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2023年1月25日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2023年1月25日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2023年1月25日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2023年1月25日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月26日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.2	2025年5月21日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.3	2025年6月25日	Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.1	2025年6月25日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wm1.cif.gz	364.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wm1.ent.gz	281.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wm1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7wm1_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7wm1_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7wm1_validation.xml.gz	61.8 KB	表示
CIF形式データ	7wm1_validation.cif.gz	89.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/7wm1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/7wm1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	32597MC 32598C 60834C 7wm2C 9is8C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (5) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (5) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Potassium channel AKT1

B: Potassium channel KAT3

C: Potassium channel AKT1

D: Potassium channel KAT3

ヘテロ分子

360 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	Potassium channel AKT1 分子量: 99812.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AKT1, At2g26650, F18A8.2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q38998
#2: タンパク質	Potassium channel KAT3 / AKT4 / AtKC1 / Potassium channel TKC 分子量: 78435.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: KAT3, AKT4, KC1, At4g32650, F4D11.150 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P92960
#3: 化合物	ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC 分子量: 760.076 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₈₂NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Complex of AKT1 and AtKC1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化

EMソフトウェア

名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 289326 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.007	15288
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.713	20748
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	33.086	2022
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.049	2348
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	2590

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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