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万見
- PDB-7wlr: Cryo-EM structure of the nucleosome containing Komagataella pasto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wlr
タイトルCryo-EM structure of the nucleosome containing Komagataella pastoris histones
要素
  • (DNA (145-MER)) x 2
  • Histone H2A
  • Histone H2B
  • Histone H3
  • Histone H4
キーワードGENE REGULATION/DNA / Chromatin / Nucleosome / Komagataella pastoris / Histone H2A / Histone H2B / Histone H3 / Histone H4 / DNA / Epigenetic / Gene regulation / cryo-EM / GENE REGULATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA transcription / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / DNA repair / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 ...Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / Histone H2A / Histone 2A / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H4 / Histone H3 / Histone H2B / Histone H2A
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella pastoris (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Fukushima, Y. / Hatazawa, S. / Hirai, S. / Kujirai, T. / Takizawa, Y. / Kurumizaka, H.
資金援助 日本, 7件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19K06522 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20K15711 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H05534 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H00449 日本
Japan Science and TechnologyJPMJER1901 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR16G1 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101076 日本
引用ジャーナル: J Biochem / 年: 2022
タイトル: Structural and biochemical analyses of the nucleosome containing Komagataella pastoris histones.
著者: Yutaro Fukushima / Suguru Hatazawa / Seiya Hirai / Tomoya Kujirai / Haruhiko Ehara / Shun-Ichi Sekine / Yoshimasa Takizawa / Hitoshi Kurumizaka /
要旨: Komagataella pastoris is a methylotrophic yeast that is commonly used as a host cell for protein production. In the present study, we reconstituted the nucleosome with K. pastoris histones and ...Komagataella pastoris is a methylotrophic yeast that is commonly used as a host cell for protein production. In the present study, we reconstituted the nucleosome with K. pastoris histones and determined the structure of the nucleosome core particle by cryogenic electron microscopy. In the K. pastoris nucleosome, the histones form an octamer and the DNA is left-handedly wrapped around it. Micrococcal nuclease assays revealed that the DNA ends of the K. pastoris nucleosome are somewhat more accessible, as compared with those of the human nucleosome. In vitro transcription assays demonstrated that the K. pastoris nucleosome is transcribed by the K. pastoris RNA polymerase II (RNAPII) more efficiently than the human nucleosome, while the RNAPII pausing positions of the K. pastoris nucleosome are the same as those of the human nucleosome. These results suggested that the DNA end flexibility may enhance the transcription efficiency in the nucleosome but minimally affect the nucleosomal pausing positions of RNAPII.
履歴
登録2022年1月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年6月26日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3
B: Histone H4
C: Histone H2A
D: Histone H2B
E: Histone H3
F: Histone H4
G: Histone H2A
H: Histone H2B
I: DNA (145-MER)
J: DNA (145-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,43510
ポリマ－178,43510
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Histone H3


分子量: 11601.565 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella pastoris (菌類) / 遺伝子: ATY40_BA7502079, ATY40_BA7504318 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B2JB78
#2: タンパク質 Histone H4


分子量: 10030.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella pastoris (菌類) / 遺伝子: ATY40_BA7502080, ATY40_BA7504319 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B2JA70
#3: タンパク質 Histone H2A


分子量: 11810.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella pastoris (菌類) / 遺伝子: HTA1, ATY40_BA7502752 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B2JD99
#4: タンパク質 Histone H2B


分子量: 11018.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella pastoris (菌類) / 遺伝子: ATY40_BA7502753 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B2JBS1

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DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#5: DNA鎖 DNA (145-MER)


分子量: 44520.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 DNA (145-MER)


分子量: 44991.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1K. pastoris nucleosomeCOMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2HistoneCOMPLEX#1-#41RECOMBINANT
3DNACOMPLEX#1-#21SYNTHETIC
由来(天然)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1250 nm
撮影電子線照射量: 57 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 3.1 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 181796 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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