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- PDB-7wlh: The crystal structure of African swine fever virus I215L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wlh
タイトルThe crystal structure of African swine fever virus I215L
要素E2 ubiquitin-conjugating enzyme
キーワードTRANSFERASE / ASFV / I215L / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein polyubiquitination / ubiquitin-dependent protein catabolic process / host cell cytoplasm / host cell nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2
類似検索 - 構成要素
生物種African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Shen, Z. / Liang, R. / Yang, Y. / Peng, G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32102652 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of African swine fever virus I215L
著者: Shen, Z. / Liang, R. / Yang, Y. / Peng, G.
履歴
登録2022年1月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: E2 ubiquitin-conjugating enzyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9331
ポリマ－22,9331
非ポリマー00
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9220 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)142.302, 142.302, 39.319
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-219-

HOH

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要素

#1: タンパク質 E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin carrier protein / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-protein ligase / pI215L


分子量: 22932.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
遺伝子: I215L CDS, I215L, ASFV-Georgia_4-165, ASFV_Kyiv_2016_131_00221
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2X0TKQ7, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium Acetate: HCl (pH 4.6), and 2.8 M Sodium Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 12713 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 17.8 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 0.62 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 226540
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.65-2.7410.20.4368700.860.120.4540.47166.1
2.74-2.8511.80.42210800.9870.110.4370.45281.7
2.85-2.9814.80.42312900.990.1070.4380.47196.6
2.98-3.1418.80.42513280.9950.10.4360.47299.9
3.14-3.3420.60.32113460.9980.0730.330.523100
3.34-3.619.60.19413440.9980.0450.1990.618100
3.6-3.9620.60.12413440.9990.0280.1270.77100
3.96-4.5319.50.08513410.9990.020.0880.975100
4.53-5.7119.40.06813630.9990.0160.070.723100
5.71-5018.90.05814070.9990.0140.0590.48299.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.65→35.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 12.532 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2407 631 5 %RANDOM
Rwork0.1964 ---
obs0.1986 12066 94.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 207.37 Å2 / Biso mean: 60 Å2 / Biso min: 60.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.85 Å21.93 Å20 Å2
2--3.85 Å2-0 Å2
3----12.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→35.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1265 0 0 38 1303
Biso mean---98.76 -
残基数----156
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0131299
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0151216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8451.6571764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1881.5772832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.0595154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.89423.23165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.01815216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.461156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021423
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02273
LS精密化 シェル解像度: 2.652→2.721 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 21 -
Rwork0.414 601 -
all-622 -
obs--63.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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