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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7wlf | ||||||
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Title | Crystal structure of the HSA Fe complex | ||||||
![]() | Serum albumin![]() | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / Iron complexes / ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() cellular response to calcium ion starvation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bai, H.H. / Xie, L.L. / Wang, W.M. / Wang, H.F. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of the HSA Fe complex Authors: Bai, H.H. / Xie, L.L. / Wang, W.M. / Wang, H.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 136.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 103.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5giyS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | ![]() Mass: 66571.219 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341 Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 128 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/9IZ.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/PLM.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/9IZ.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/PLM.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() | ||||||||
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#3: Chemical | ChemComp-9IZ / | ||||||||
#4: Chemical | ChemComp-FE / ![]() #5: Chemical | ChemComp-PLM / ![]() #6: Chemical | ChemComp-DMS / ![]() #7: Chemical | ChemComp-CL / ![]() #8: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.29 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 32% PEG3350, 50 mM pottasium phosphate buffer |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 10, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. obs: 24780 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 60.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 1.047 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 81431 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 5GIY Resolution: 2.4→36.99 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 36.12 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 120.04 Å2 / Biso mean: 75.2141 Å2 / Biso min: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→36.99 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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