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万見
- PDB-7wkf: Antimicrobial peptide-LaIT2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wkf
タイトルAntimicrobial peptide-LaIT2
要素Beta-KTx-like peptide LaIT2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / CYANA 2.1 Scorpion Antimicrobial peptide
機能・相同性Long chain scorpion toxin family / Potassium channel toxin / BetaSPN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / toxin activity / defense response to bacterium / extracellular region / Beta-KTx-like peptide LaIT2
機能・相同性情報
生物種Liocheles australasiae (やえやまさそり)
手法溶液NMR / simulaed annealing
データ登録者Tamura, M. / Morita, H. / Ohki, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Toxicon / 年: 2022
タイトル: Structural and functional studies of LaIT2, an antimicrobial and insecticidal peptide from Liocheles australasiae.
著者: Tamura, M. / Tatsushiro, C. / Morita, E.H. / Ohki, S.
#1: ジャーナル: Biosci. Biotechnol. Biochem / 年: 2009
タイトル: Purification and cDNA cloning of LaIT2, a novel insecticidal toxin from venom of the scorpion Liocheles australasiae
著者: Matsushita, M.N. / Miyashita, M.M. / Ichiki, I.Y. / Ogura, O.T. / Sakuradani, S.E. / Nakagawa, N.Y. / Shimizu, S.S. / Miyagawa, M.H.
#2: ジャーナル: J. Pept. Sci / 年: 2018
タイトル: Chemical synthesis of a two-domain scorpion toxin LaIT2 and its single-domain analogs to elucidate structural factors important for insecticidal and antimicrobial activities
著者: Juichi, H.J. / Ando, A.R. / Ishido, I.T. / Miyashita, M.M. / Ogura, O.T. / Sakuradani, S.E. / Nakagawa, N.Y. / Miyagawa, M.H.
履歴
登録2022年1月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-KTx-like peptide LaIT2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6511
ポリマ－6,6511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Beta-KTx-like peptide LaIT2


分子量: 6650.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Liocheles australasiae (やえやまさそり)
プラスミド: pET-mod / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7G3K3
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D NOESY
132isotropic13D CBCA(CO)NH
142isotropic13D 1H-15N NOESY
152isotropic13D 1H-13C NOESY
162isotropic13D HNCA
192isotropic13D HN(CA)CB
182isotropic13D (H)CCH-TOCSY
172isotropic13D 1H-15N TOCSY
1132isotropic13D C(CO)NH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.2 mM 15N LaIT2, 95% H2O/5% D2O15N_LaIT295% H2O/5% D2O
solution20.2 mM 13C LaIT2, 95% H2O/5% D2O13C_LaIT295% H2O/5% D2O
solution30.2 mM 13C/15N LaIT2, 95% H2O/5% D2O13C/15N_LaIT295% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.2 mMLaIT215N1
0.2 mMLaIT213C2
0.2 mMLaIT213C/15N3
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: LaIT2 / pH: 6.0 / 圧: 1.013 Pa / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
PONDEROSAWoonghee Lee精密化
MolProbityRichardsonデータ解析
PROCHECK / PROCHECK-NMRLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thorntonデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
精密化手法: simulaed annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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