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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wjp | ||||||
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タイトル | Structure of PadR-like protein from Listeria monocytogenes | ||||||
要素 | PadR family transcriptional regulator | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / listeria monocytogenes / Transcription factor / regulation / PadR | ||||||
機能・相同性 | Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / PadR family transcriptional regulator 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Listeria monocytogenes (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Hong, M. / Kim, J. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022 タイトル: Structure-based molecular characterization of the LltR transcription factor from Listeria monocytogenes. 著者: Kim, J. / Park, J. / Choi, Z. / Hong, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wjp.cif.gz | 64.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wjp.ent.gz | 38.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wjp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7wjp_validation.pdf.gz | 429.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7wjp_full_validation.pdf.gz | 430.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7wjp_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7wjp_validation.cif.gz | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/7wjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/7wjp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5zqhS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12714.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D2INR9 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.55 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1 M lithium chloride, 0.1 M MES, pH 6.5, 17% polyethylene glycol 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 6256 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 49.05 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 56.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 3.25 / Num. unique obs: 188 / CC1/2: 0.983 / CC star: 0.997 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5ZQH 解像度: 2.25→36.09 Å / SU ML: 0.1646 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.9989 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 65.07 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→36.09 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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