PDB-7wjp: Structure of PadR-like protein from Listeria monocytogenes

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wjp

タイトル

Structure of PadR-like protein from Listeria monocytogenes

要素

PadR family transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / listeria monocytogenes / Transcription factor / regulation / PadR

機能・相同性

: / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / PadR family transcriptional regulator

機能・相同性情報

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Hong, M. / Kim, J.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structure-based molecular characterization of the LltR transcription factor from Listeria monocytogenes.
著者: Kim, J. / Park, J. / Choi, Z. / Hong, M.

履歴

登録	2022年1月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wjp.cif.gz	64.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wjp.ent.gz	38.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wjp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/7wjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/7wjp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zqhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PadR family transcriptional regulator

12.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PadR family transcriptional regulator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, dimer
25.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.182, 72.182, 46.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-203- HOH
2	1	A-212- HOH

#1: タンパク質	PadR family transcriptional regulator / Transcriptional regulator / PadR family 分子量: 12714.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D2INR9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.55 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1 M lithium chloride, 0.1 M MES, pH 6.5, 17% polyethylene glycol 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 6256 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 49.05 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 56.6
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 12.9 % / R_merge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 3.25 / Num. unique obs: 188 / CC_1/2: 0.983 / CC star: 0.997 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ZQH

5zqh

解像度: 2.25→36.09 Å / SU ML: 0.1646 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.9989
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2885	318	5.11 %	318
R_work	0.2249	5901	-	-
obs	0.2282	6224	99.84 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→36.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	801	0	0	17	818

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0071	816
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9374	1099
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0457	123
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	134
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.6086	492

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.83	0.3521	150	0.2737	2881	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.83-36.09	0.2736	168	0.2135	3020	X-RAY DIFFRACTION	99.78

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3268025134	0.58162478071	-0.350463629501	3.22352862558	2.71426394756	7.42784199344	-0.0763410241589	0.25855340692	-0.1741817031	-0.31887032122	0.183885760882	0.418448308582	-0.35442868847	-1.06295629823	-0.0101648563936	0.25501095682	0.0558350059043	-0.0451637775169	0.424333501616	0.116853736122	0.624331452227	0.112498716072	13.5383651692	9.71537968275
2	3.5208967479	-0.168895681235	-0.35893642065	6.03612944766	2.21683612025	5.91503522954	0.210318671494	0.420443885332	0.499733601041	-0.527758859462	-0.0840842973519	0.103630766924	-0.570704488537	-0.318685913518	-0.101157685126	0.375597229965	0.0465093966953	-0.00508247299029	0.363414462184	0.0589431197309	0.460597123317	2.02720935996	21.8811924841	6.28943270755
3	9.23631412282	3.43455588634	-1.66008806214	9.42116551939	-2.137204782	8.49694441795	-0.129186423035	1.7165591664	1.64983715374	-0.741206071528	0.842146979486	-0.129805408311	-1.33232655738	0.0219604958984	-0.581005581985	0.567422550991	-0.0056007025457	0.0167221542629	0.451907797204	0.199712622576	1.00419597502	7.9593821818	30.2106256613	5.90922349249
4	7.28758360816	4.39239494637	3.03081777894	3.72957382888	1.14132165449	2.3507658833	0.27418041774	-0.749803170708	-0.707044399416	1.55705781188	-0.3616562797	-0.362843003901	0.100017669684	-0.413524922576	0.127163921518	0.518100083365	-0.0757547463022	0.0950794534484	0.41484067908	0.0350825461073	0.321345067446	-0.14756897441	5.30375220434	18.4443118269

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 63 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 64 through 77 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 78 through 105 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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