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- PDB-7wjg: Streptococcus mutans BusR transcriptional factor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wjg
タイトルStreptococcus mutans BusR transcriptional factor
要素Putative transcriptional regulator (GntR family)
キーワードTRANSCRIPTION / tetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Putative transcriptional regulator (GntR family)
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans UA159 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Li, X. / Liu, N.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970043 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural study of transcriptional factor BusR
著者: Li, X. / Liu, N.
履歴
登録2022年1月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative transcriptional regulator (GntR family)
B: Putative transcriptional regulator (GntR family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8903
ポリマ－46,6982
非ポリマー1921
水3,927218
1
A: Putative transcriptional regulator (GntR family)
B: Putative transcriptional regulator (GntR family)
ヘテロ分子

A: Putative transcriptional regulator (GntR family)
B: Putative transcriptional regulator (GntR family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7806
ポリマ－93,3964
非ポリマー3842
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area16970 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area40070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.847, 72.944, 56.716
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.822, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Putative transcriptional regulator (GntR family)


分子量: 23348.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans UA159 (バクテリア)
株: ATCC 700610 / UA159 / 遺伝子: SMU_1064c / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DU83
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1000mM Sodium citrate tribasic ,100mM Sodium cacodylate Hydrochloric acid PH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.419→26.68 Å / Num. obs: 24411 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 35.98 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.42→2.44 Å / 冗長度: 6.8 % / Num. unique obs: 611 / CC1/2: 0.771

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.42→26.68 Å / SU ML: 0.2903 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.4705
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2265 2015 8.29 %
Rwork0.1882 22282 -
obs0.1913 24297 97.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→26.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3134 0 13 218 3365
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00843196
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9164295
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0489486
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066547
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.62981219
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.42-2.480.33191240.26961432X-RAY DIFFRACTION88.11
2.48-2.550.31061480.26231564X-RAY DIFFRACTION97.33
2.55-2.620.26771440.25121589X-RAY DIFFRACTION98.92
2.62-2.710.3241560.23621616X-RAY DIFFRACTION98.83
2.71-2.80.30931240.23291588X-RAY DIFFRACTION97.05
2.8-2.910.28041560.22731541X-RAY DIFFRACTION97.53
2.91-3.050.26941470.22921606X-RAY DIFFRACTION99.43
3.05-3.210.24161440.21271618X-RAY DIFFRACTION99.49
3.21-3.410.25941420.18711603X-RAY DIFFRACTION99.43
3.41-3.670.22131540.18281619X-RAY DIFFRACTION99.66
3.67-4.040.19581410.15151626X-RAY DIFFRACTION99.21
4.04-4.620.18121380.14731604X-RAY DIFFRACTION98.09
4.62-5.810.16631470.15891638X-RAY DIFFRACTION99.72
5.81-26.680.1841500.16641638X-RAY DIFFRACTION97.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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