PDB-7wjb: Crystal structure of Lactococcus lactis subsp. cremoris GH31 alph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wjb

タイトル

Crystal structure of Lactococcus lactis subsp. cremoris GH31 alpha-1,3-glucosidase in complex with glucose

要素

Alpha-xylosidase

キーワード

HYDROLASE / nigerose / glucose / glycoside hydrolase / GH31 / carbohydrate / TIM-barrel / hexamer

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ikegaya, M. / Miyazaki, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022
タイトル: Structural basis of the strict specificity of a bacterial GH31 α-1,3-glucosidase for nigerooligosaccharides.
著者: Marina Ikegaya / Toshio Moriya / Naruhiko Adachi / Masato Kawasaki / Enoch Y Park / Takatsugu Miyazaki /

要旨: Carbohydrate-active enzymes are involved in the degradation, biosynthesis, and modification of carbohydrates and vary with the diversity of carbohydrates. The glycoside hydrolase (GH) family 31 is ...

履歴

登録	2022年1月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wjb.cif.gz	178.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wjb.ent.gz	132.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wjb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7wjb_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7wjb_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7wjb_validation.xml.gz	29.2 KB	表示
CIF形式データ	7wjb_validation.cif.gz	43.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/7wjb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/7wjb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	32571C 7wj9C 7wjaSC 7wjcC 7wjdC 7wjeC 7wjfC 7wlgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-xylosidase

ヘテロ分子

88.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-xylosidase

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, cryo-electron microscopy single-particle analysis
533 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_655	-y+1,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_665	-x+y+1,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	10_665	-y+1,-x+1,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	11_655	-x+y+1,y,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	12_555	x,x-y,-z+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.362, 151.362, 177.263
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質

Alpha-xylosidase

分子量: 88028.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)
株: MG1363 / 遺伝子: llmg_1836 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A2RM80, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

#2: 糖

ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 13% PEG 3350, 400 mM ammonium citrate buffer (pH 7.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 81029 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.6 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 42
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 40.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 11646 / CC_1/2: 0.947 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7WJA

7wja

解像度: 2→46.617 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.175 / WR_factor R_work: 0.153 / SU B: 3.291 / SU ML: 0.089 / Average fsc free: 0.9311 / Average fsc work: 0.9405 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.123 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2081	4083	5.05 %
R_work	0.18	76769	-
all	0.181	-	-
obs	-	80852	99.814 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.286 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.855 Å²	0.427 Å²	0 Å²
2-	-	0.855 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.773 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→46.617 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5991	0	56	351	6398

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	6245
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5683
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.695	1.647	8449
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.417	1.583	13126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.488	5	736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.806	23.484	353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.637	15	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.411	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	777
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	7082
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1512
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	5343
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	2993
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	2925
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	339
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.144	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.212	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.393	3.862	2929
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.391	3.862	2928
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.086	5.774	3664
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.086	5.774	3665
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.283	4.167	3315
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.282	4.168	3316
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.054	6.096	4783
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.053	6.097	4784
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.821	43.304	7097
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.818	43.191	7048

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.279	330	0.248	5568	X-RAY DIFFRACTION	99.9492
2.052-2.108	0.275	264	0.239	5473	X-RAY DIFFRACTION	99.9303
2.108-2.169	0.283	265	0.23	5336	X-RAY DIFFRACTION	99.8396
2.169-2.236	0.249	293	0.223	5126	X-RAY DIFFRACTION	99.871
2.236-2.309	0.239	269	0.197	5001	X-RAY DIFFRACTION	99.8106
2.309-2.39	0.231	262	0.204	4836	X-RAY DIFFRACTION	99.8433
2.39-2.481	0.221	256	0.195	4682	X-RAY DIFFRACTION	99.7374
2.481-2.582	0.22	209	0.196	4528	X-RAY DIFFRACTION	99.8314
2.582-2.697	0.243	237	0.191	4324	X-RAY DIFFRACTION	99.6287
2.697-2.828	0.24	230	0.183	4146	X-RAY DIFFRACTION	99.7493
2.828-2.981	0.238	214	0.195	3948	X-RAY DIFFRACTION	99.5694
2.981-3.162	0.231	196	0.2	3781	X-RAY DIFFRACTION	99.8744
3.162-3.38	0.212	161	0.194	3545	X-RAY DIFFRACTION	99.7309
3.38-3.651	0.213	198	0.187	3296	X-RAY DIFFRACTION	99.8857
3.651-3.999	0.192	156	0.16	3061	X-RAY DIFFRACTION	99.8138
3.999-4.47	0.154	136	0.134	2813	X-RAY DIFFRACTION	99.8984
4.47-5.161	0.147	125	0.137	2489	X-RAY DIFFRACTION	99.9235
5.161-6.318	0.184	123	0.16	2128	X-RAY DIFFRACTION	100
6.318-8.925	0.171	95	0.144	1689	X-RAY DIFFRACTION	100
8.925-46.617	0.166	64	0.179	999	X-RAY DIFFRACTION	98.7918

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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