[日本語] English
万見
- PDB-7wj0: Solution structure of N-terminal domain (nMazE6) of mycobacterial... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wj0
タイトルSolution structure of N-terminal domain (nMazE6) of mycobacterial antitoxin MazE6 from MazEF6 TA system
要素Antitoxin MazE6
キーワードANTITOXIN / RHH domain / mycobacterial TA system / MazEF6 / DNA binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


detoxification / toxin sequestering activity / negative regulation of growth / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Kumari, K. / Sarma, S.P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India) インド
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and mutational analysis of MazE6-operator DNA complex provide insights into autoregulation of toxin-antitoxin systems.
著者: Kumari, K. / Sarma, S.P.
履歴
登録2022年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Antitoxin MazE6
B: Antitoxin MazE6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6852
ポリマ－11,6852
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2820 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area7240 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Antitoxin MazE6


分子量: 5842.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: mazE6, mazE-mt3, Rv1991A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WJ87

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-15N HSQC
123isotropic13D HN(CA)CB
133isotropic13D CC(CO)NH
143isotropic13D HNCO
153isotropic13D HN(CA)CO
163isotropic13D H(CCO)NH
171isotropic12D 1H-1H TOCSY
191isotropic12D 1H-1H NOESY
183isotropic113C, 15N simultaneous edited NOESY
1103isotropic13D (H)CCH-TOCSY

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.4 mM NA nMazE6, 20 mM NA potassium phosphate, 20 mM NA Sodium chloride, 1 mM NA EDTA, 0.01 % NA Sodium Azide, 0.2 mM NA DSS, 10 % [U-99% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2OUnlabeled-nMazE690% H2O/10% D2O
solution20.4 mM [U-99% 15N] nMazE6, 20 mM NA potassium phosphate, 20 mM NA Sodium chloride, 1 mM NA EDTA, 0.01 % NA Sodium Azide, 0.2 mM NA DSS, 10 % [U-99% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2O15N-nMazE690% H2O/10% D2O
solution30.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] nMazE6, 20 mM NA potassium phosphate, 20 mM NA Sodium chloride, 1 mM NA EDTA, 0.01 % NA Sodium Azide, 0.2 mM NA DSS, 10 % [U-99% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2O13C,15N-nMazE690% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMnMazE6NA1
20 mMpotassium phosphateNA1
20 mMSodium chlorideNA1
1 mMEDTANA1
0.01 %Sodium AzideNA1
0.2 mMDSSNA1
10 %D2O[U-99% 2H]1
0.4 mMnMazE6[U-99% 15N]2
20 mMpotassium phosphateNA2
20 mMSodium chlorideNA2
1 mMEDTANA2
0.01 %Sodium AzideNA2
0.2 mMDSSNA2
10 %D2O[U-99% 2H]2
0.4 mMnMazE6[U-99% 13C; U-99% 15N]3
20 mMpotassium phosphateNA3
20 mMSodium chlorideNA3
1 mMEDTANA3
0.01 %Sodium AzideNA3
0.2 mMDSSNA3
10 %D2O[U-99% 2H]3
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: Condition_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent Agilent DDS2 600 / 製造業者: Agilent / モデル: Agilent DDS2 600 / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJ4.2Agilentcollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
X-PLOR NIH3.1Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る