PDB-7wir: Holo form of N381A mutant of copper amine oxidase from Arthrobact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wir

タイトル

Holo form of N381A mutant of copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / topaquinone / TPQ / amine oxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

aliphatic amine oxidase activity / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Okajima, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2022
タイトル: Molecular mechanism of a large conformational change of the quinone cofactor in the semiquinone intermediate of bacterial copper amine oxidase.
著者: Shoji, M. / Murakawa, T. / Nakanishi, S. / Boero, M. / Shigeta, Y. / Hayashi, H. / Okajima, T.

履歴

登録	2022年1月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wir.cif.gz	526.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wir.ent.gz	430.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wir.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/7wir ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/7wir	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7wisC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

141 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	192.967, 63.016, 158.013
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.63, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1034- HOH
2	1	B-925- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase / Copper amine oxidase 分子量: 68869.695 Da / 分子数: 2 / 変異: N381A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.19 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 6.8 / 詳細: 25 mM HEPES 1.05 M potassium sodium tartrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→139.991 Å / Num. all: 265999 / Num. obs: 265999 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 15.28 Å² / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.107 / R_sym value: 0.091 / Net I/av σ(I): 2.8 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 964630

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.5-1.58	3.5	0.473	1.4	133818	37966	0.288	0.554	0.473	2.5	97.1
1.58-1.68	3.5	0.331	2.1	128418	36290	0.202	0.388	0.331	3.5	98.3
1.68-1.79	3.6	0.232	2.8	123197	34465	0.141	0.272	0.232	4.8	98.9
1.79-1.94	3.6	0.157	3.6	116124	32109	0.095	0.183	0.157	7	99.2
1.94-2.12	3.7	0.114	4.2	108562	29672	0.069	0.133	0.114	9.8	99.4
2.12-2.37	3.7	0.095	4.7	100487	27039	0.057	0.111	0.095	12.2	99.9
2.37-2.74	3.8	0.085	4.7	89710	23914	0.051	0.099	0.085	14.1	100
2.74-3.35	3.8	0.077	4.8	75981	20219	0.047	0.09	0.077	16.4	100
3.35-4.74	3.7	0.073	5.4	58009	15721	0.046	0.087	0.073	17.6	99.9
4.74-22.451	3.5	0.072	5.4	30324	8604	0.047	0.086	0.072	16.6	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IU7

1iu7

解像度: 1.5→22.45 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 18.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.181	13214	4.97 %
R_work	0.161	-	-
obs	0.162	265921	99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→22.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9732	0	182	1540	11454

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	10451
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.504	14243
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.99	3878
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.105	1522
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.022	1880

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.517	0.3176	442	0.3059	8179	X-RAY DIFFRACTION	97
1.517-1.5349	0.3077	456	0.3	8219	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5349-1.5536	0.2644	429	0.273	8088	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5536-1.5733	0.2913	482	0.2641	8282	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5733-1.5939	0.2585	447	0.2518	8246	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5939-1.6158	0.2665	411	0.2414	8396	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6158-1.6389	0.2457	423	0.2236	8254	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6389-1.6633	0.2357	471	0.2133	8395	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6633-1.6893	0.2236	401	0.2067	8339	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6893-1.717	0.2246	431	0.194	8379	X-RAY DIFFRACTION	99
1.717-1.7466	0.2176	405	0.1908	8426	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7466-1.7783	0.1935	427	0.1799	8416	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7783-1.8125	0.2114	450	0.1764	8409	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8125-1.8495	0.1953	435	0.1711	8434	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8495-1.8897	0.179	470	0.161	8362	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8897-1.9336	0.174	415	0.1542	8444	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9336-1.9819	0.1692	472	0.1521	8428	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9819-2.0355	0.1759	441	0.1475	8434	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0355-2.0954	0.1718	432	0.1475	8481	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0954-2.1629	0.1699	426	0.1464	8493	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1629-2.2402	0.1715	460	0.1465	8497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2402-2.3298	0.1677	423	0.1436	8530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3298-2.4357	0.1691	455	0.1455	8515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4357-2.5639	0.1812	471	0.152	8471	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5639-2.7243	0.181	475	0.1511	8526	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7243-2.9342	0.1742	441	0.1508	8553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9342-3.2288	0.1603	450	0.1433	8576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2288-3.6942	0.1456	412	0.1339	8618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6942-4.6475	0.1445	418	0.1286	8655	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6475-22.4531	0.174	443	0.1655	8662	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7754	-0.1384	-0.0082	0.813	0.1576	0.0983	0.0734	0.2683	-0.0839	-0.4005	-0.1206	-0.172	-0.103	0.2808	-0.0987	0.2681	-0.0397	0.0671	0.439	0.1111	0.18	48.9752	4.9916	0.6514
2	0.7278	-0.0768	0.1026	0.3246	-0.2625	0.6982	0.0173	0.4596	-0.0461	-0.1961	-0.0634	-0.0248	-0.0715	-0.0674	-0.0814	0.1751	0.0517	-0.0225	0.3043	-0.0058	0.147	21.4978	-0.4043	2.5589
3	0.3158	-0.1831	-0.1427	0.243	-0.1445	0.7932	0.0119	0.1315	0.064	-0.0796	-0.0377	-0.0412	-0.2755	0.1813	-0.1127	0.1555	-0.0407	0.0057	0.1429	0.0346	0.1311	38.6871	8.6156	22.7858
4	0.4904	-0.1368	0.0939	0.302	-0.025	1.1382	0.0263	0.1131	-0.0421	-0.0277	-0.0293	-0.0181	0.0866	0.2116	0.01	0.0836	0.0208	0.0033	0.1106	0.0021	0.105	37.923	-9.021	27.3071
5	0.618	-0.1429	-0.0416	0.2253	0.2109	0.3205	0.0008	-0.0539	-0.0263	0.0568	-0.014	0.0705	-0.0278	-0.1787	0.0016	0.1378	0.0514	0.0022	0.1624	-0.0427	0.1323	11.0462	7.5861	68.8326
6	0.4973	-0.0105	0.0685	0.1765	0.137	0.7931	-0.0521	-0.1685	0.013	0.0697	0.0343	0.0082	-0.0471	0.1474	-0.0078	0.1477	-0.0069	-0.0308	0.1335	-0.0043	0.1595	38.025	1.1056	67.2815
7	0.3918	0.0572	-0.1365	0.0708	0.2942	0.7667	-0.0087	-0.0355	0.0548	0.0093	-0.003	0.0242	-0.2617	-0.0952	-0.0556	0.1572	0.0312	-0.0045	0.0603	0.0019	0.124	21.7971	9.6813	46.8707
8	0.4636	0.0064	0.1366	0.2471	0.0835	1.0296	0.0043	-0.0198	-0.0434	0.014	-0.0061	0.0133	0.0563	-0.1074	-0.0174	0.0758	-0.001	0.0036	0.0477	0.0045	0.1003	21.6602	-7.9285	43.0635

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 9 THROUGH 72 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 73 THROUGH 225 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 226 THROUGH 402 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 403 THROUGH 628 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 9 THROUGH 72 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 73 THROUGH 225 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 226 THROUGH 402 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 403 THROUGH 628 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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