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万見
- PDB-7wio: NMR structure of N-terminal domain of Triconephila clavipes of ma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wio
タイトルNMR structure of N-terminal domain of Triconephila clavipes of major ampullate spidroin 1
要素Major ampullate spidroin 1A
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Dragline spider silk / spider silk assembly / pH regulation
機能・相同性Spidroin, N-terminal / Major ampullate spidroin 1, spider silk protein 1, N-term / Spidroin, N-terminal domain superfamily / Major ampullate spidroin 1A
機能・相同性情報
生物種Trichonephila clavipes (クモ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Oktaviani, N.A. / Malay, A.D. / Matsugami, A. / Hayashi, F. / Numata, K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJER1602 日本
Japan Science and TechnologyImpulsing Paradigm Change through Disrupt Technologies Program (ImPACT) 日本
引用ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2023
タイトル: Unusual p K a Values Mediate the Self-Assembly of Spider Dragline Silk Proteins.
著者: Oktaviani, N.A. / Malay, A.D. / Matsugami, A. / Hayashi, F. / Numata, K.
履歴
登録2022年1月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major ampullate spidroin 1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4991
ポリマ－14,4991
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, NMR relaxation study
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Major ampullate spidroin 1A


分子量: 14498.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichonephila clavipes (クモ) / 遺伝子: MaSp1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5SYS5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic13D HNCO
171isotropic13D HN(CA)CO
181isotropic13D HBHA(CO)NH
191isotropic13D HNHAHB
1101isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1111isotropic13D 1H-15N NOESY
1121isotropic13D H(CCO)NH
1131isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1141isotropic12D HB(CBCGCD)CE(HE)
1151isotropic12D HB(CBCG)CD(HD)

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試料調製

詳細タイプ: fibrous protein
内容: 1 mM [U-13C; U-15N] N-terminal domain of Triconephila clavipes of major ampullate spidroin 1, 0.1 mM DSS, 10 % v/v [U-100% 2H] D2O, 300 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O
Label: 13C_15N NTD MaSp1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMN-terminal domain of Triconephila clavipes of major ampullate spidroin 1[U-13C; U-15N]1
0.1 mMDSSnatural abundance1
10 % v/vD2O[U-100% 2H]1
300 mMsodium chloridenatural abundance1
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
試料状態イオン強度: 300 mM / Label: condition_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRFAM-SPARKYLee, Tonelli, Markleychemical shift assignment
MagRO-NMRViewKobayashi, Iwahara, Koshiba, Tomizawa, Tochio, Guntert, Kigawa, Yokoyamachemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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