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- PDB-7wi7: Crystal structure of human MCM8/9 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wi7
タイトルCrystal structure of human MCM8/9 complex
要素
  • DNA helicase MCM8
  • DNA helicase MCM9
キーワードDNA BINDING PROTEIN / MCM8 / MCM9 / Helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


MutLbeta complex binding / MutSbeta complex binding / recombinational interstrand cross-link repair / MCM8-MCM9 complex / male gamete generation / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / MutSalpha complex binding / CDC6 association with the ORC:origin complex / female gamete generation / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation ...MutLbeta complex binding / MutSbeta complex binding / recombinational interstrand cross-link repair / MCM8-MCM9 complex / male gamete generation / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / MutSalpha complex binding / CDC6 association with the ORC:origin complex / female gamete generation / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / Unwinding of DNA / MCM complex / DNA duplex unwinding / Activation of the pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / protein localization to chromatin / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / Orc1 removal from chromatin / large ribosomal subunit / single-stranded DNA binding / chromosome / DNA helicase / protein stabilization / structural constituent of ribosome / translation / DNA damage response / chromatin binding / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM OB domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal ...MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM OB domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L22 signature. / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L22p/L17e / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL22 / DNA helicase MCM8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.6 Å
データ登録者Li, J. / Liu, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Other government2019ZT08Y464 中国
Other governmentJCYJ20200109142412265 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human MCM8/9 complex
著者: Li, J. / Liu, Y.
履歴
登録2022年1月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.pdb_format_compatible
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA helicase MCM8
B: DNA helicase MCM9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,8004
ポリマ－164,6702
非ポリマー1312
水00
1
A: DNA helicase MCM8
B: DNA helicase MCM9
ヘテロ分子

A: DNA helicase MCM8
B: DNA helicase MCM9
ヘテロ分子

A: DNA helicase MCM8
B: DNA helicase MCM9
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
  • 494 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)494,40112
ポリマ－494,0096
非ポリマー3926
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area20700 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area160280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.616, 185.616, 185.616
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Space group name HallP2ac2ab3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y+1/2,-z,x+1/2
#5: z+1/2,-x+1/2,-y
#6: -y,z+1/2,-x+1/2
#7: -z+1/2,-x,y+1/2
#8: -z,x+1/2,-y+1/2
#9: y+1/2,-z+1/2,-x
#10: x+1/2,-y+1/2,-z
#11: -x,y+1/2,-z+1/2
#12: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 DNA helicase MCM8 / Minichromosome maintenance 8


分子量: 87820.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM8, C20orf154 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJA3, DNA helicase
#2: タンパク質 DNA helicase MCM9 / hMCM9 / Mini-chromosome maintenance deficient domain-containing protein 1 / Minichromosome maintenance 9


分子量: 76848.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM9, C6orf61, MCMDC1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NXL9, DNA helicase
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.09 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Bis-Tris propone, pH 6.0-7.5, 0.6M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6.6→41.5 Å / Num. obs: 4153 / % possible obs: 97.81 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 431.51 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 39.8
反射 シェル解像度: 6.6→6.71 Å / 冗長度: 14.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 418 / Rsym value: 0.768 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot0.8.2モデル構築
PHENIX1.17_3644精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7DP3, 7DPD

7dp3

7dpd


解像度: 6.6→41.5 Å / SU ML: 1.8622 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 51.0802
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3977 415 10.11 %
Rwork0.3209 3689 -
obs0.3287 4104 98.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 627.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.6→41.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8833 0 2 0 8835
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00198973
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.513512117
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04051419
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00291540
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.44563362
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
6.6-7.550.5881390.43011222X-RAY DIFFRACTION99.85
7.56-9.50.41291370.36891226X-RAY DIFFRACTION99.2
9.51-41.50.36421390.28421241X-RAY DIFFRACTION96.17
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.1444696396 Å / Origin y: 21.367660008 Å / Origin z: -19.5298083088 Å
111213212223313233
T4.99836302268 Å2-0.543401242338 Å2-0.0191114077517 Å2-4.23780287903 Å20.657088483685 Å2--4.06247101592 Å2
L2.64533531031 °20.491309327563 °21.21832735543 °2-0.649224225774 °22.45791422994 °2--1.40395027046 °2
S-0.448929466623 Å °0.867015270384 Å °0.615633413389 Å °-0.286172695234 Å °0.578134500216 Å °-0.0575913553684 Å °-0.770761806761 Å °0.402695207081 Å °-1.27508040611E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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