[日本語] English
万見
- PDB-7wh9: holo structure of emodin 1-OH O-methyltransferase complex with em... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wh9
タイトルholo structure of emodin 1-OH O-methyltransferase complex with emodin and S-Adenosyl-L-homocysteine
要素O-methyltransferase gedA
キーワードTRANSFERASE / O-methyltransferase / emodin
機能・相同性
機能・相同性情報


emodin O-methyltransferase / O-methyltransferase activity / secondary metabolite biosynthetic process / methylation
類似検索 - 分子機能
O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-METHYL-1,6,8-TRIHYDROXYANTHRAQUINONE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / O-methyltransferase gedA
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus terreus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.803 Å
データ登録者Liang, Y.J. / Lu, X.F. / Qi, F.F. / Xue, Y.Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31972855 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFC2102600 中国
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2022
タイトル: Characterization and Structural Analysis of Emodin- O -Methyltransferase from Aspergillus terreus.
著者: Xue, Y. / Liang, Y. / Zhang, W. / Geng, C. / Feng, D. / Huang, X. / Dong, S. / Zhang, Y. / Sun, J. / Qi, F. / Lu, X.
履歴
登録2021年12月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: O-methyltransferase gedA
B: O-methyltransferase gedA
C: O-methyltransferase gedA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,0829
ポリマ－168,1183
非ポリマー1,9646
水2,270126
1
A: O-methyltransferase gedA
B: O-methyltransferase gedA
C: O-methyltransferase gedA
ヘテロ分子

A: O-methyltransferase gedA
B: O-methyltransferase gedA
C: O-methyltransferase gedA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)340,16418
ポリマ－336,2376
非ポリマー3,92812
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area45120 Å2
ΔGint-270 kcal/mol
Surface area93780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.093, 162.093, 130.219
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 1:36 or (resid 37 and (name...
21(chain B and (resseq 1:39 or resseq 42 or resseq...
31(chain C and (resseq 1:36 or (resid 37 and (name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resseq 1:36 or (resid 37 and (name...A1 - 36
121(chain A and (resseq 1:36 or (resid 37 and (name...A37
131(chain A and (resseq 1:36 or (resid 37 and (name...A1 - 482
141(chain A and (resseq 1:36 or (resid 37 and (name...A1 - 482
151(chain A and (resseq 1:36 or (resid 37 and (name...A1 - 482
161(chain A and (resseq 1:36 or (resid 37 and (name...A1 - 482
211(chain B and (resseq 1:39 or resseq 42 or resseq...B1 - 39
221(chain B and (resseq 1:39 or resseq 42 or resseq...B42
231(chain B and (resseq 1:39 or resseq 42 or resseq...B49 - 112
241(chain B and (resseq 1:39 or resseq 42 or resseq...B1221 - 248
251(chain B and (resseq 1:39 or resseq 42 or resseq...B1 - 482
261(chain B and (resseq 1:39 or resseq 42 or resseq...B1 - 482
271(chain B and (resseq 1:39 or resseq 42 or resseq...B221 - 2480
281(chain B and (resseq 1:39 or resseq 42 or resseq...B1 - 482
291(chain B and (resseq 1:39 or resseq 42 or resseq...B1 - 482
2101(chain B and (resseq 1:39 or resseq 42 or resseq...B1 - 482
2111(chain B and (resseq 1:39 or resseq 42 or resseq...B1 - 482
2121(chain B and (resseq 1:39 or resseq 42 or resseq...B1 - 482
2131(chain B and (resseq 1:39 or resseq 42 or resseq...B1 - 482
311(chain C and (resseq 1:36 or (resid 37 and (name...C1 - 36
321(chain C and (resseq 1:36 or (resid 37 and (name...C37
331(chain C and (resseq 1:36 or (resid 37 and (name...C1 - 482
341(chain C and (resseq 1:36 or (resid 37 and (name...C1 - 482

-
要素

#1: タンパク質 O-methyltransferase gedA / Geodin synthesis protein A


分子量: 56039.434 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus terreus (カビ) / 株: NIH 2624 / FGSC A1156 / 遺伝子: gedA, ATEG_08449 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0CCY5, emodin O-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-EMO / 3-METHYL-1,6,8-TRIHYDROXYANTHRAQUINONE / EMODIN / エモジン


分子量: 270.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.8858.13
22.1743.4
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
289.151蒸気拡散法, ハンギングドロップ法71.8M triamine citrate
289.152蒸気拡散法, シッティングドロップ法61.8M triamine citrate

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL19U110.979
シンクロトロンSSRF BL17U120.979
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2019年4月18日
DECTRIS EIGER X 16M2PIXEL2019年6月26日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
21
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 48697 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 4803 / CC1/2: 0.94 / Rpim(I) all: 0.161 / Rrim(I) all: 0.526 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-3000データスケーリング
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
xia2データ削減
PHASER位相決定
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.803→27.2917 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2172 1994 4.11 %
Rwork0.1748 46509 -
obs0.1766 48503 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 165.9 Å2 / Biso mean: 61.6619 Å2 / Biso min: 14.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.803→27.2917 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10992 0 138 126 11256
Biso mean--54.1 38.15 -
残基数----1423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01111474
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.32715610
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0831749
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0112015
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4516858
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6486X-RAY DIFFRACTION10.614TORSIONAL
12B6486X-RAY DIFFRACTION10.614TORSIONAL
13C6486X-RAY DIFFRACTION10.614TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8031-2.87310.27861390.231432913430100
2.8731-2.95070.26611420.224733073449100
2.9507-3.03740.28491430.221632943437100
3.0374-3.13530.25481420.224832993441100
3.1353-3.24720.30781400.212133143454100
3.2472-3.3770.25781420.200133063448100
3.377-3.53040.22751450.19073264340999
3.5304-3.71610.20181410.171333223463100
3.7161-3.94820.21881440.166633223466100
3.9482-4.2520.17881420.155333273469100
4.252-4.6780.20151380.137133303468100
4.678-5.35050.18881450.153933563501100
5.3505-6.72430.19921430.17853383352699
6.7243-27.29170.18471480.1533394354297
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9633-0.2016-0.73671.8240.46113.0747-0.1587-0.01020.2396-0.10940.2106-0.0252-0.38860.3488-0.04040.12410.013-0.02940.270.10490.329646.87243.0254-23.7222
23.57150.2337-0.25482.6065-0.9390.9769-0.1794-0.07020.4829-0.09790.2742-0.0215-0.34020.3651-0.14530.1704-0.0093-0.05110.3250.08250.289641.859811.3456-20.5315
31.3643-0.7459-1.43641.86121.42632.05360.0377-0.20560.08730.13990.1303-0.2119-0.0820.1773-0.10470.17970.0104-0.06220.20320.03520.18424.9910.0269-11.1688
40.8048-0.1419-0.01640.60960.21370.8096-0.0697-0.11470.05710.07170.02030.0068-0.0409-0.05410.0370.17890.01120.0020.17970.04050.181714.57527.7021-13.9185
53.233-0.2612-0.06711.2161-0.31131.4407-0.1182-0.17040.32850.11670.1089-0.2284-0.45470.2561-0.03010.3466-0.0664-0.03820.22820.01460.351927.425333.3448-17.9808
66.08481.30391.38886.374-0.65936.52920.1621-0.29350.41041.0795-0.3347-0.1614-0.78170.05540.15940.39120.05540.00750.27620.00190.344516.679333.1819-9.5132
71.36430.0806-0.32091.47990.35351.0899-0.03040.18350.2785-0.21920.105-0.127-0.27480.066-0.07120.2756-0.0412-0.00410.25190.07730.262725.635524.3427-31.9265
83.90860.5962-1.13192.8181-0.5951.9925-0.0773-0.2232-0.64030.34680.02220.1674-0.0209-0.0385-0.06820.28340.0277-0.08340.61250.03580.310768.9192.1377-4.307
93.2030.1830.3761.7371-0.46441.5675-0.023-1.3659-0.03340.56330.12530.0877-0.0018-0.3832-0.06170.43170.0722-0.04691.17790.0580.407974.37086.067521.4923
102.84260.2960.93682.52110.02490.7565-0.15480.60210.2949-0.3620.0556-0.2983-0.18280.16560.13790.3205-0.0096-0.05960.57410.09440.309673.635311.9587-12.5073
116.5558-0.00490.43062.20340.01052.2530.0364-0.1901-0.18860.03170.03-0.55910.09220.2421-0.06480.25620.0132-0.04950.5029-0.00880.375291.77745.7536.347
123.96810.75370.70550.94910.00511.4006-0.1174-0.6530.66040.21830.0233-0.2716-0.2866-0.10630.06120.36310.0731-0.13350.5869-0.11360.558292.739219.218510.3823
133.14260.27050.86771.33410.16980.9688-0.45730.50341.3676-0.17750.1308-0.0769-0.47740.0060.33850.4496-0.1527-0.14330.66020.16280.9987100.029128.7425-6.1869
143.0921-0.2096-1.16343.5278-0.07923.8175-0.37810.81881.2507-0.7292-0.1035-0.8937-0.48030.86660.32120.526-0.1475-0.09780.97280.22821.3706108.624631.6344-8.8158
151.3932-0.2975-0.3252.00820.31041.3827-0.43830.30811.6191-0.16770.1521-0.0571-0.7809-0.00250.24510.6507-0.0262-0.3190.6420.14491.362883.72336.8992-5.9121
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 41 )A1 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 42 through 79 )A42 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 80 through 119 )A80 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 120 through 276 )A120 - 276
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 277 through 322 )A277 - 322
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 323 through 351 )A323 - 351
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 352 through 482 )A352 - 482
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 79 )B1 - 79
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 80 through 482 )B80 - 482
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 79 )C1 - 79
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 80 through 130 )C80 - 130
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 131 through 241 )C131 - 241
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 242 through 322 )C242 - 322
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 323 through 351 )C323 - 351
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 352 through 482 )C352 - 482

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る