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- PDB-7wh7: The mutant crystal structure of b-1,4-Xylanase (XynAF1_N179S) wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wh7
タイトルThe mutant crystal structure of b-1,4-Xylanase (XynAF1_N179S) with xylotetraose
要素Beta-xylanaseキシラナーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / GH10 family xylanase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / endo-1,4-beta-xylanase activity / キシラナーゼ / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Glycoside hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 ...CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Glycoside hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
キシラナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus (アスペルギルス・フミガーツス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Li, G.Q. / Zhang, R.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The mutant crystal structure of b-1,4-Xylanase (XynAF1_N179S) with xylotetraose
著者: Li, G.Q. / Zhang, R.F.
履歴
登録2021年12月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-xylanase
B: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4616
ポリマ－70,4262
非ポリマー3,0354
水15,745874
1
A: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7313
ポリマ－35,2131
非ポリマー1,5172
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint24 kcal/mol
Surface area12250 Å2
手法PISA
2
B: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7313
ポリマ－35,2131
非ポリマー1,5172
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint23 kcal/mol
Surface area12190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.318, 119.687, 60.906
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.200, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-xylanase / キシラナーゼ


分子量: 35213.172 Da / 分子数: 2 / 変異: N179S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (アスペルギルス・フミガーツス)
遺伝子: CDV57_00377 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A229WLM4, キシラナーゼ
#2: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-alpha-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a212h-1a_1-5][a212h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2[DManpa1-6]DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_d6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 874 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→50 Å / Num. obs: 138872 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 0.963 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 945941
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.44-1.496.80.51138850.8950.210.5521.037100
1.49-1.556.70.398138210.9150.1650.4311.004100
1.55-1.626.40.306138650.9450.1310.3330.976100
1.62-1.716.80.249138800.9630.1030.270.996100
1.71-1.817.10.203138350.9750.0820.2190.939100
1.81-1.9570.171138990.9790.0690.1850.931100
1.95-2.156.70.127139110.9870.0530.1380.97100
2.15-2.466.70.105138640.9880.0440.1140.926100
2.46-3.17.20.077139460.9940.0310.0841.039100
3.1-506.70.057139660.9950.0240.0610.81399.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JDT

6jdt


解像度: 1.44→16.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 0.924 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1715 6816 5 %RANDOM
Rwork0.1496 ---
obs0.1507 130361 98.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 52.15 Å2 / Biso mean: 13.837 Å2 / Biso min: 7.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0.04 Å2
2--0.04 Å2-0 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.44→16.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4838 0 204 874 5916
Biso mean--22.49 27.33 -
残基数----638
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0135264
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174698
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9061.6847235
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6341.61610891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.435657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.65825.07215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.81515745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg3.435156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2757
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.025959
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021163
LS精密化 シェル解像度: 1.441→1.479 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 443 -
Rwork0.214 8751 -
all-9194 -
obs--89.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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