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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wh7 | ||||||
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タイトル | The mutant crystal structure of b-1,4-Xylanase (XynAF1_N179S) with xylotetraose | ||||||
![]() | Beta-xylanase | ||||||
![]() | HYDROLASE / GH10 family xylanase | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellulose binding / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, G.Q. / Zhang, R.F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The mutant crystal structure of b-1,4-Xylanase (XynAF1_N179S) with xylotetraose 著者: Li, G.Q. / Zhang, R.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 160.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 123 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 53.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6jdtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35213.172 Da / 分子数: 2 / 変異: N179S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 多糖 | #3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 #4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月22日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.44→50 Å / Num. obs: 138872 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 0.963 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 945941 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6JDT 解像度: 1.44→16.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 0.924 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 52.15 Å2 / Biso mean: 13.837 Å2 / Biso min: 7.13 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.44→16.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.441→1.479 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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