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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wh6 | ||||||
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タイトル | The mutant crystal structure of b-1,4-Xylanase (XynAF1_N179S) | ||||||
要素 | Beta-xylanaseキシラナーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / GH10 family xylanase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellulose binding / endo-1,4-beta-xylanase activity / キシラナーゼ / xylan catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus fumigatus (アスペルギルス・フミガーツス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å | ||||||
データ登録者 | Li, G.Q. / Zhang, R.F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The mutant crystal structure of b-1,4-Xylanase (XynAF1_N179S) 著者: Li, G.Q. / Zhang, R.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wh6.cif.gz | 157.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wh6.ent.gz | 120.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wh6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/7wh6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/7wh6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6jdtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35213.172 Da / 分子数: 2 / 変異: N179S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (アスペルギルス・フミガーツス) 遺伝子: CDV57_00377 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A229WLM4, キシラナーゼ #2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 #3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月3日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 104905 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.136 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 4.2 / Num. measured all: 613650 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6JDT 解像度: 1.58→19.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.575 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.78 Å2 / Biso mean: 14.926 Å2 / Biso min: 8.27 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.58→19.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.58→1.62 Å / Rfactor Rfree error: 0
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