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万見
- PDB-7wh3: Solution structure of human stomatin SPFH domain in a phosphate buffer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wh3
タイトルSolution structure of human stomatin SPFH domain in a phosphate buffer
要素Stomatin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / erythrocyte / membrane skeleton / actin binding / molecular scaffold / Band 7.2 protein / oligomer/multimer formation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of viral process / host-mediated activation of viral genome replication / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / RNA polymerase binding / azurophil granule membrane / RHOB GTPase cycle / ion channel inhibitor activity / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle ...positive regulation of viral process / host-mediated activation of viral genome replication / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / RNA polymerase binding / azurophil granule membrane / RHOB GTPase cycle / ion channel inhibitor activity / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / tertiary granule membrane / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / positive regulation of protein targeting to membrane / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / Stimuli-sensing channels / melanosome / vesicle / blood microparticle / cytoskeleton / membrane raft / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Band-7 stomatin-like / Band 7/stomatin-like, conserved site / Band 7 protein family signature. / Stomatin/HflK/HflC family / Band 7 domain / SPFH domain / Band 7 family / prohibitin homologues / Band 7/SPFH domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kataoka, K. / Tenno, T. / Goda, N. / Hibino, E. / Hiroaki, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Other private 日本
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2022
タイトル: A cryptic phosphate-binding pocket on the SPFH domain of human stomatin that regulates a novel fibril-like self-assembly
著者: Kataoka, K. / Suzuki, S. / Tenno, T. / Goda, N. / Hibino, E. / Oshima, A. / Hiroaki, H.
履歴
登録2021年12月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stomatin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4781
ポリマ－12,4781
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Stomatin / Erythrocyte band 7 integral membrane protein / Erythrocyte membrane protein band 7.2 / Protein 7.2b


分子量: 12477.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STOM / プラスミド: pGEX-hSTOM(SPFH) / 詳細 (発現宿主): GST fusion protein / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27105

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic23D HN(CA)CB
132isotropic23D CBCA(CO)NH
142isotropic23D 1H-15N NOESY
152isotropic23D HNCO
163isotropic23D (H)CCH-TOCSY
173isotropic23D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1100 uM [U-100% 15N] SPFH domain from stomatin, 95% H2O/5% D2O0.1mM dissolved in 50 mM phosphate buffer (pH 6.4), 100 mM NaCl15N95% H2O/5% D2O
solution2600 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] SPFH domain from stomatin, 95% H2O/5% D2OSequential assignment13C15N95% H2O/5% D2O
solution3600 uM [U-100% 13C] SPFH domain from stomatin, 100% D2Osidechain assignment and NOEST13C100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
100 uMSPFH domain from stomatin[U-100% 15N]1
600 uMSPFH domain from stomatin[U-100% 13C; U-100% 15N]2
600 uMSPFH domain from stomatin[U-100% 13C]3
試料状態詳細: 50 mM phosphate buffer (pH 6.4), 100 mM NaCl / イオン強度: 200 mM / Label: phosphate buffer / pH: 6.4 pH* / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II6001@Nagoya University
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002oKobe University

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: CNS
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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