PDB-7wh0: structure of C elegans BCMO-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wh0

タイトル

structure of C elegans BCMO-1

要素

Beta-Carotene 15,15'-MonoOxygenase

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / nonheme iron / dioxygenase / Caenorhabditis elegans / retinoid / beta-carotene

機能・相同性

機能・相同性情報

The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Retinoid metabolism and transport / carotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Pan, W. / Liu, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Structural and Functional Analysis of Nonheme Iron Enzymes BCMO-1 and BCMO-2 from Caenorhabditis elegans .
著者: Pan, W. / Zhou, Y.L. / Wang, J. / Dai, H.E. / Wang, X. / Liu, L.

履歴

登録	2021年12月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wh0.cif.gz	470.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wh0.ent.gz	381.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wh0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7wh0_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7wh0_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	7wh0_validation.xml.gz	46.6 KB	表示
CIF形式データ	7wh0_validation.cif.gz	70 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/7wh0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/7wh0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7wh1C 4rseS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cqv-d 6wvp-d 6wuy-d 7d9p-d 7d9q-d 6wuv-d 3l59-d 6ntg-d 6ntl-d 6wuj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (2) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-Carotene 15,15'-MonoOxygenase

B: Beta-Carotene 15,15'-MonoOxygenase

ヘテロ分子

126 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-Carotene 15,15'-MonoOxygenase

ヘテロ分子

B: Beta-Carotene 15,15'-MonoOxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
126 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.204, 104.733, 76.438
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.160, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 1 through 10 or resid 12...
2	1	(chain B and (resid 1 through 10 or resid 12...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	PHE	PHE	(chain A and (resid 1 through 10 or resid 12...	A	A	1 - 10	21 - 30
1	2	ASN	ASN	PRO	PRO	(chain A and (resid 1 through 10 or resid 12...	A	A	12 - 17	32 - 37
1	3	GLU	GLU	GLU	GLU	(chain A and (resid 1 through 10 or resid 12...	A	A	18	38
1	4	MET	MET	ASN	ASN	(chain A and (resid 1 through 10 or resid 12...	A	A	1 - 529	21 - 549
1	5	MET	MET	ASN	ASN	(chain A and (resid 1 through 10 or resid 12...	A	A	1 - 529	21 - 549
1	6	MET	MET	ASN	ASN	(chain A and (resid 1 through 10 or resid 12...	A	A	1 - 529	21 - 549
1	7	MET	MET	ASN	ASN	(chain A and (resid 1 through 10 or resid 12...	A	A	1 - 529	21 - 549
2	1	MET	MET	PHE	PHE	(chain B and (resid 1 through 10 or resid 12...	B	B	1 - 10	21 - 30
2	2	ASN	ASN	TYR	TYR	(chain B and (resid 1 through 10 or resid 12...	B	B	12 - 83	32 - 103
2	3	MET	MET	ASN	ASN	(chain B and (resid 1 through 10 or resid 12...	B	B	1 - 529	21 - 549
2	4	MET	MET	ASN	ASN	(chain B and (resid 1 through 10 or resid 12...	B	B	1 - 529	21 - 549
2	5	ALA	ALA	ALA	ALA	(chain B and (resid 1 through 10 or resid 12...	B	B	168 - 381	188 - 401
2	6	GLY	GLY	ASN	ASN	(chain B and (resid 1 through 10 or resid 12...	B	B	383 - 529	403 - 549

#1: タンパク質	Beta-Carotene 15,15'-MonoOxygenase 分子量: 62790.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: bcmo-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9U2E4
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-OXD / OXALIC ACID / シュウ酸分子量: 90.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 900 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.08 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5 / 詳細: ammonium sulfate, PEG 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 102764 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 28.25 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 29.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.621 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 9990 / CC_1/2: 0.887 / R_pim(I) all: 0.259 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4RSE

4rse

解像度: 1.8→31.63 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.189	5112	4.97 %
R_work	0.166	97652	-
obs	0.1671	102764	98.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.28 Å² / B_iso mean: 35.1648 Å² / B_iso min: 19.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→31.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8524	0	26	900	9450
B_iso mean	-	-	34.5	40.2	-
残基数	-	-	-	-	1058

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	5053	X-RAY DIFFRACTION	9.125	TORSIONAL
1	2	B	5053	X-RAY DIFFRACTION	9.125	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.2956	149	0.2764	3118	93
1.82-1.84	0.2949	153	0.2522	3161	96
1.84-1.86	0.2799	158	0.251	3212	97
1.86-1.88	0.2561	159	0.2366	3238	97
1.88-1.91	0.3147	171	0.225	3261	98
1.91-1.94	0.2442	159	0.2225	3180	97
1.94-1.96	0.2695	172	0.214	3233	98
1.96-1.99	0.2315	181	0.2092	3184	97
1.99-2.02	0.236	172	0.2001	3198	98
2.02-2.06	0.252	179	0.2017	3255	98
2.06-2.09	0.2082	176	0.1928	3221	97
2.09-2.13	0.2254	179	0.1936	3237	98
2.13-2.17	0.2061	149	0.1945	3227	97
2.17-2.22	0.2105	164	0.1879	3228	98
2.22-2.26	0.2231	179	0.1915	3262	99
2.26-2.32	0.2248	177	0.1837	3294	98
2.32-2.37	0.2138	173	0.1877	3216	98
2.37-2.44	0.2128	193	0.1828	3229	99
2.44-2.51	0.2269	163	0.1825	3271	99
2.51-2.59	0.1859	161	0.1786	3287	99
2.59-2.68	0.2032	147	0.1846	3324	99
2.68-2.79	0.2166	175	0.1812	3271	99
2.79-2.92	0.2051	164	0.1841	3303	99
2.92-3.07	0.208	162	0.1802	3327	99
3.07-3.26	0.2023	181	0.1727	3290	99
3.26-3.52	0.1519	160	0.1519	3324	99
3.52-3.87	0.1763	215	0.1446	3271	99
3.87-4.43	0.1489	156	0.126	3348	100
4.43-5.57	0.1344	182	0.1207	3349	100
5.57-31.63	0.1581	203	0.1403	3333	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 16.8011 Å / Origin y: 4.5187 Å / Origin z: -14.3814 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2286 Å²	-0.018 Å²	0.0117 Å²	-	0.1844 Å²	-0.0222 Å²	-	-	0.202 Å²
L	0.4037 °²	-0.2464 °²	0.3359 °²	-	0.3043 °²	-0.3404 °²	-	-	0.6305 °²
S	-0.0175 Å °	-0.0382 Å °	0.0376 Å °	0.0494 Å °	-0.0256 Å °	-0.0398 Å °	-0.0019 Å °	0.0036 Å °	0.0431 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 529
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	600 - 701
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 529
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	600 - 701
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 903

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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