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万見
- PDB-7wez: Crystal structure of RRM domain of Cyclophilin 33-like protein of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wez
タイトルCrystal structure of RRM domain of Cyclophilin 33-like protein of Plasmodium falciparum
要素RNA-binding protein, putative
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Nucleic acid-binding protein containing conserved RNA motifs
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E, RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Verma, G. / Bhavesh, N.S.
資金援助1件
組織認可番号国
Other governmentICGEB New Delhi Core fund
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of RRM domain of Cyclophilin 33-like protein of Plasmodium falciparum
著者: Verma, G. / Bhavesh, N.S.
履歴
登録2021年12月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding protein, putative
B: RNA-binding protein, putative
C: RNA-binding protein, putative
D: RNA-binding protein, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6215
ポリマ－40,5974
非ポリマー241
水2,882160
1
A: RNA-binding protein, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1742
ポリマ－10,1491
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area4750 Å2
手法PISA
2
B: RNA-binding protein, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1491
ポリマ－10,1491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4550 Å2
手法PISA
3
C: RNA-binding protein, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1491
ポリマ－10,1491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4560 Å2
手法PISA
4
D: RNA-binding protein, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1491
ポリマ－10,1491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.469, 40.802, 97.387
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.57, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
RNA-binding protein, putative


分子量: 10149.257 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1320900 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C0H5C7
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: Tetragonal bipyramidal
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris hydrochloride pH 8.5 and 30 % (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月27日 / 詳細: Toroidal Mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.25 Å / Num. obs: 24799 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.9→5.166 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1229 / CC1/2: 0.761 / Rpim(I) all: 0.379 / Rrim(I) all: 0.69 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MDF

3mdf


解像度: 1.9→45.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 4.924 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27606 1202 4.8 %RANDOM
Rwork0.2229 ---
obs0.22543 23644 97.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.978 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å2-0 Å2-0.8 Å2
2--2.35 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→45.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2467 0 1 160 2628
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0132509
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.561.6373393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3651.5895169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6485316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.24623.662142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.80215395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1661512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022956
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02612
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1823.5421274
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1723.5381273
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6515.2821584
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.6515.2851585
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.543.841235
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.543.841235
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.4735.6351809
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.51241.9522716
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.46841.7482692
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.904→1.953 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 77 -
Rwork0.292 1766 -
obs--98.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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