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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wex | ||||||
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タイトル | The crystal structure of substrate-free CYP107X1 from Streptomyces avermitilis | ||||||
![]() | Cytochrome P450 hydroxylase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / substrate-free | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xu, L.-H. / Lin, S. / Gao, L. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: The 16 alpha-Hydroxylation of Progesterone by Cytochrome P450 107X1 from Streptomyces avermitilis. 著者: Lin, S. / Ma, B. / Gao, Q. / Yang, J. / Lai, G. / Lin, R. / Yang, B. / Han, B.N. / Xu, L.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2whwS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44695.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 31267 / DSM 46492 / JCM 5070 / NBRC 14893 / NCIMB 12804 / NRRL 8165 / MA-4680 遺伝子: cyp23, SAVERM_6249 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate (pH 6.5) and 20% w/v polyethylene glycol 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年5月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 25483 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.2 % / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 31.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.02 Å / Num. unique obs: 25483 / CC1/2: 0.841 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2WHW 解像度: 1.99→41.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 4.558 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.9 Å2 / Biso mean: 33.872 Å2 / Biso min: 15.63 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.99→41.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.99→2.04 Å / Rfactor Rfree error: 0
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