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- PDB-7wej: Crystal structure of the mouse Wdr47 NTD. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wej
タイトルCrystal structure of the mouse Wdr47 NTD.
要素WD repeat-containing protein 47
キーワードPROTEIN BINDING / LisH motif containing protein
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
WD repeat-containing protein 47 / C-terminal to LisH motif. / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / WD40 repeat, conserved site ...WD repeat-containing protein 47 / C-terminal to LisH motif. / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
WD repeat-containing protein 47
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Ren, J.Q. / Li, D. / Feng, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Intertwined Wdr47-NTD dimer recognizes a basic-helical motif in Camsap proteins for proper central-pair microtubule formation.
著者: Ren, J. / Li, D. / Liu, J. / Liu, H. / Yan, X. / Zhu, X. / Feng, W.
履歴
登録2021年12月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 47
B: WD repeat-containing protein 47


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1012
ポリマ－73,1012
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, the molar mass was calculated by SEC-MALS.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9160 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area27360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.384, 75.762, 170.023
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 47 / Neuronal enriched MAP interacting protein / Nemitin


分子量: 36550.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Wdr47, Kiaa0893 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CGF6
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.34 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 8% (v/v) Tacsimate pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→50 Å / Num. obs: 25839 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 96.28 Å2 / CC1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 0.476 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 3.09→3.2 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.872 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 2601 / CC1/2: 0.808 / CC star: 0.945 / Rpim(I) all: 0.378 / Rrim(I) all: 0.954 / Χ2: 0.433 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.18精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Cootv0.8.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.09→37.88 Å / SU ML: 0.531 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.3941
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 2573 9.98 %
Rwork0.256 23198 -
obs0.2593 25771 98.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 99.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.09→37.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4170 0 0 0 4170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00174248
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.42265734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0345677
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031718
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.68751553
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.09-3.150.53651440.4211277X-RAY DIFFRACTION94.92
3.15-3.210.41881370.4071226X-RAY DIFFRACTION94.39
3.21-3.280.43221360.34671231X-RAY DIFFRACTION93.06
3.28-3.360.37781480.32371324X-RAY DIFFRACTION99.93
3.36-3.440.33361410.31241299X-RAY DIFFRACTION99.52
3.44-3.540.30931470.2791297X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.640.32731470.29171303X-RAY DIFFRACTION99.59
3.64-3.760.32851490.28371307X-RAY DIFFRACTION100
3.76-3.890.31021480.27471300X-RAY DIFFRACTION99.72
3.89-4.050.30851440.25611339X-RAY DIFFRACTION99.93
4.05-4.230.30921360.23661270X-RAY DIFFRACTION99.5
4.23-4.450.20161500.23281345X-RAY DIFFRACTION99.47
4.45-4.730.27291350.22631232X-RAY DIFFRACTION93.89
4.73-5.10.27271430.21721276X-RAY DIFFRACTION97.13
5.1-5.610.30281460.25091301X-RAY DIFFRACTION99.93
5.61-6.420.33331440.28431319X-RAY DIFFRACTION99.66
6.42-8.070.24331470.25631301X-RAY DIFFRACTION99.38
8.08-37.880.24641310.21431251X-RAY DIFFRACTION95.31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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