PDB-7weg: Complex structure of PDZD7 and FCHSD2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7weg

タイトル

Complex structure of PDZD7 and FCHSD2

要素

FCHSD2
PDZ domain-containing protein 7

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / PDZD7 / HHD domain / membrane-targeting

機能・相同性

機能・相同性情報

USH2 complex / stereocilia ankle link / inner ear receptor cell differentiation / stereocilia ankle link complex / stereocilium tip / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / auditory receptor cell development / stereocilium / auditory receptor cell stereocilium organization / establishment of localization in cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Wang, H. / Lin, L. / Lu, Q.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2022
タイトル: Deafness-related protein PDZD7 forms complex with the C-terminal tail of FCHSD2.
著者: Wang, H. / Zhao, D. / Du, H. / Zhai, X. / Wu, S. / Lin, L. / Xu, Z. / Lu, Q.

履歴

登録	2021年12月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7weg.cif.gz	100.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7weg.ent.gz	74.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7weg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7weg_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7weg_full_validation.pdf.gz	443.6 KB	表示
XML形式データ	7weg_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	7weg_validation.cif.gz	15.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/7weg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/7weg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vrfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PDZ domain-containing protein 7

B: PDZ domain-containing protein 7

C: FCHSD2

D: FCHSD2

ヘテロ分子

27 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PDZ domain-containing protein 7

D: FCHSD2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
13.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PDZ domain-containing protein 7

C: FCHSD2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.603, 62.918, 46.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.190, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	(chain B and (resid 14 through 84 or (resid 85...
1	2	chain C
2	2	chain D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	851 - 946
2	1	1	(chain B and (resid 14 through 84 or (resid 85...	B	14 - 84
2	2	1	(chain B and (resid 14 through 84 or (resid 85...	B	85 - 86
2	3	1	(chain B and (resid 14 through 84 or (resid 85...	B	851 - 946
2	4	1	(chain B and (resid 14 through 84 or (resid 85...	B	851 - 946
2	5	1	(chain B and (resid 14 through 84 or (resid 85...	B	851 - 946
2	6	1	(chain B and (resid 14 through 84 or (resid 85...	B	851 - 946
1	1	2	chain C	C	734 - 740
2	1	2	chain D	D	734 - 740

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	PDZ domain-containing protein 7 分子量: 11650.431 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pdzd7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E9Q9W7
#2: タンパク質・ペプチド	FCHSD2 分子量: 1705.901 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.24 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.05M Zinc acetate dehydrate, 20% w/v polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97846 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97846 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→19.68 Å / Num. obs: 15785 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.747 % / B_iso Wilson estimate: 30.513 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.125 / R_rim(I) all: 0.136 / Χ²: 0.856 / Net I/σ(I): 10.01 / Num. measured all: 106495 / Scaling rejects: 14

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2-2.06	6.727	0.715	3	7534	1173	1120	0.915	0.774	95.5
2.06-2.11	6.329	0.569	3.51	7196	1158	1137	0.95	0.62	98.2
2.11-2.17	6.896	0.488	4.08	7655	1125	1110	0.961	0.528	98.7
2.17-2.24	6.532	0.358	5.2	6800	1058	1041	0.97	0.389	98.4
2.24-2.31	6.885	0.385	4.97	7284	1073	1058	0.972	0.417	98.6
2.31-2.39	7.082	0.305	6.02	6940	993	980	0.983	0.329	98.7
2.39-2.48	6.947	0.301	6.28	6843	997	985	0.981	0.325	98.8
2.48-2.59	6.886	0.231	7.14	6452	948	937	0.99	0.25	98.8
2.59-2.7	6.459	0.199	8.03	5839	913	904	0.988	0.216	99
2.7-2.83	6.929	0.171	9.26	5848	852	844	0.993	0.185	99.1
2.83-2.99	6.636	0.134	11.26	5528	841	833	0.993	0.145	99
2.99-3.17	7.101	0.12	13.51	5461	773	769	0.993	0.13	99.5
3.17-3.39	7.034	0.104	15.24	5128	734	729	0.996	0.112	99.3
3.39-3.66	6.721	0.085	17.63	4584	684	682	0.996	0.092	99.7
3.66-4.01	6.421	0.076	19.07	4026	631	627	0.996	0.083	99.4
4.01-4.48	6.479	0.062	22.21	3745	582	578	0.997	0.067	99.3
4.48-5.17	6.931	0.065	23.17	3528	512	509	0.998	0.07	99.4
5.17-6.33	6.689	0.069	22.01	2836	424	424	0.996	0.075	100
6.33-8.96	6.218	0.06	23.32	2139	346	344	0.997	0.065	99.4
8.96-19.68	6.489	0.055	26.95	1129	194	174	0.997	0.059	89.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2VRF

2vrf

解像度: 2→19.68 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2556	1577	10.01 %
R_work	0.2088	14172	-
obs	0.2136	15749	98.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.03 Å² / B_iso mean: 32.6645 Å² / B_iso min: 15.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→19.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1564	0	4	132	1700
B_iso mean	-	-	49.22	37.63	-
残基数	-	-	-	-	206

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	582	X-RAY DIFFRACTION	7.225	TORSIONAL
1	2	B	582	X-RAY DIFFRACTION	7.225	TORSIONAL
2	1	C	38	X-RAY DIFFRACTION	7.225	TORSIONAL
2	2	D	38	X-RAY DIFFRACTION	7.225	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.07	0.3684	138	0.3011	1234	1372	96
2.07-2.14	0.3225	143	0.2576	1277	1420	98
2.14-2.23	0.2931	141	0.229	1279	1420	98
2.23-2.33	0.27	143	0.2122	1289	1432	98
2.33-2.45	0.2669	142	0.1993	1278	1420	99
2.45-2.6	0.2195	144	0.2104	1291	1435	98
2.6-2.8	0.253	143	0.1983	1276	1419	99
2.8-3.09	0.236	144	0.1995	1305	1449	99
3.09-3.53	0.2653	144	0.1798	1293	1437	99
3.53-4.44	0.2116	145	0.1884	1311	1456	99
4.44-19.68	0.2648	150	0.2223	1339	1489	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.148	0.0553	-0.0724	0.0821	-0.0091	0.0992	0.5845	-0.1741	0.1205	0.2084	-0.2295	-0.568	0.4659	0.1686	-0.0024	0.2043	-0.0177	-0.0604	0.2914	-0.0282	0.2905	-27.8767	5.4215	-14.6592
2	0.3413	-0.1789	-0.1285	0.2805	0.2248	0.0749	0.0125	-0.0386	0.0333	-0.0606	0.0149	0.1961	-0.1052	0.0104	-0.0003	0.3258	-0.0003	-0.0772	0.1869	0.0143	0.3078	-16.0855	3.1222	1.7576
3	0.5666	0.0412	0.2128	0.324	-0.1442	0.5351	0.0743	-0.0896	-0.1809	-0.0433	-0.2002	0.3636	0.0306	-0.1828	-0.0089	0.2326	-0.0305	-0.0726	0.2256	0.0104	0.306	-27.9754	-7.875	-2.0867
4	1.5399	0.3409	0.5433	0.5828	0.1774	0.6752	0.5615	-0.1029	0.9968	-0.2648	0.1435	-0.0338	0.1573	0.41	0.2529	0.0398	0.1268	0.2428	0.2212	-0.2286	0.1262	-20.3108	7.0969	8.289
5	0.0278	-0.0167	0.0638	0.0116	-0.0255	0.5618	-0.111	0.1107	0.2065	-0.4944	0.0317	0.4836	0.0082	0.134	-0.0044	0.3799	-0.0267	-0.1767	0.2197	-0.0092	0.489	-23.3556	6.9394	-2.0355
6	0.4687	-0.0619	0.0883	0.4955	0.7842	1.3249	0.0975	0.1451	-0.3134	0.0378	0.3178	0.1243	-0.5903	0.0396	0.112	0.1955	-0.0176	-0.018	0.192	0.0266	0.3089	-19.1649	-3.0953	-6.6321
7	0.0969	0.2691	0.2642	1.3798	0.7258	1.244	0.0629	0.417	-0.3545	-0.0278	-0.0129	-0.5066	-0.0954	0.3037	0.2492	0.3819	0.0165	-0.1562	0.2168	0.0208	0.3852	-16.3115	-8.9283	-7.0184
8	2.1265	1.1945	0.1325	0.6674	0.1044	0.2217	0.487	-0.7581	-1.0191	0.1429	-0.4199	-0.6016	0.7415	0.252	-0.026	0.3837	0.0171	-0.2217	0.1754	0.0078	0.2884	-14.4834	-8.1785	3.2549
9	0.1198	0.151	-0.0565	0.1519	-0.0831	0.6474	-0.1954	0.4657	-0.0295	-0.1743	0.1188	0.0482	-0.2096	0.3045	-0.0004	0.3389	-0.0174	-0.168	0.2145	-0.0046	0.3752	-12.8518	1.7349	-3.7433
10	-0.1197	-0.0829	0.3246	0.264	0.0396	0.3818	0.1961	-0.0091	-0.19	0.1233	-0.0252	-0.1073	0.2159	0.0484	-0.0007	0.303	-0.0214	-0.0744	0.2033	0.0475	0.2539	0.4325	-2.8714	-20.6328
11	0.0872	-0.0167	-0.2504	0.141	0.0203	0.555	-0.0562	0.1085	0.288	-0.3081	0.1404	-0.1515	0.0255	0.1463	-0.0025	0.3429	-0.0148	-0.1024	0.1863	-0.0102	0.3008	1.4667	8.5402	-30.3344
12	0.1706	0.3277	-0.0869	0.8881	-0.242	0.3438	0.2904	-0.4374	-0.5139	-0.2848	0.0178	0.0404	0.2839	-0.3528	0.0014	0.3784	0.0256	-0.1348	0.2145	-0.0186	0.2983	2.8831	-3.8948	-23.2348
13	0.2886	-0.1077	-0.1829	0.2302	0.1842	0.148	0.3173	0.0198	0.0349	0.25	-0.2154	0.1902	-0.5355	0.1534	0.0002	0.3623	-0.0045	-0.0978	0.2134	-0.0384	0.296	-5.6594	9.5437	-19.9319
14	-0.0091	-0.1288	0.234	0.3574	-0.7397	1.3108	-0.1412	-0.2813	0.4027	0.5999	-0.0983	-0.1024	-0.9555	0.2334	-0.0046	0.2845	-0.0252	-0.0442	0.2158	-0.0085	0.2585	3.7082	8.9349	-16.1153
15	0.4129	1.2659	0.8422	4.0566	2.9127	2.2085	-0.1006	-0.4819	0.0247	-0.3628	-0.3833	0.9218	-0.209	-0.3137	-0.282	0.1584	-0.0181	0.1214	0.3366	0.0376	0.1746	0.0278	-1.0499	-7.0685
16	0.3825	-0.0074	0.2712	0.0124	-0.0179	0.5951	0.2801	-0.1982	-0.3985	-0.4299	-0.068	0.901	-0.1925	-0.8029	0.0582	0.421	0.0194	-0.1452	0.3103	-0.0415	0.3248	-5.4556	-1.2011	-22.5989
17	0.0643	0.0567	0.0572	0.0984	0.1762	0.2837	0.0496	0.0129	0.1407	0.1622	-0.2803	0.0928	-0.5452	-0.0521	-0.0034	0.3814	-0.0545	-0.1267	0.2809	0.0342	0.3939	7.992	9.8986	-27.0556
18	0.0868	-0.0969	-0.0191	0.1074	-0.0144	0.0383	0.1738	-0.3944	-0.3789	0.1322	-0.1412	-0.0356	0.3886	-0.1929	0	0.2431	-0.0233	-0.0768	0.2655	0.0078	0.2872	-26.1042	-9.2107	4.9187

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 851 through 855 )	A	851 - 855
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 856 through 873 )	A	856 - 873
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 874 through 889 )	A	874 - 889
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 890 through 897 )	A	890 - 897
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 898 through 905 )	A	898 - 905
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 906 through 910 )	A	906 - 910
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 911 through 919 )	A	911 - 919
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 920 through 932 )	A	920 - 932
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 933 through 946 )	A	933 - 946
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 851 through 873 )	B	851 - 873
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 874 through 889 )	B	874 - 889
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 890 through 910 )	B	890 - 910
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 911 through 919 )	B	911 - 919
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 920 through 932 )	B	920 - 932
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 933 through 938 )	B	933 - 938
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 939 through 946 )	B	939 - 946
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 734 through 740 )	C	734 - 740
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 734 through 740 )	D	734 - 740

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)