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- PDB-7wda: Crystal structure LpqY in complex with Trehalose from Mycobacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wda
タイトルCrystal structure LpqY in complex with Trehalose from Mycobacterium tuberculosis
要素Trehalose-binding lipoprotein LpqY
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Mycobacterium tuberculosis / LpqY / Trehalose / SugABC
機能・相同性
機能・相同性情報


trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / biological process involved in interaction with host / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / periplasmic space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
trehalose / Trehalose-binding lipoprotein LpqY
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Sharma, D. / Das, U.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Indian Council of Medical ResearchICMR-12(26)/2020 インド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural analysis of LpqY, a substrate-binding protein from the SugABC transporter of Mycobacterium tuberculosis, provides insights into its trehalose specificity.
著者: Sharma, D. / Singh, M. / Kaur, P. / Das, U.
履歴
登録2021年12月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trehalose-binding lipoprotein LpqY
B: Trehalose-binding lipoprotein LpqY
C: Trehalose-binding lipoprotein LpqY
D: Trehalose-binding lipoprotein LpqY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,16612
ポリマ－189,4124
非ポリマー1,7538
水16,952941
1
A: Trehalose-binding lipoprotein LpqY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7913
ポリマ－47,3531
非ポリマー4382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Trehalose-binding lipoprotein LpqY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7913
ポリマ－47,3531
非ポリマー4382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Trehalose-binding lipoprotein LpqY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8884
ポリマ－47,3531
非ポリマー5343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Trehalose-binding lipoprotein LpqY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6952
ポリマ－47,3531
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)154.304, 162.135, 142.796
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2

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要素

#1: タンパク質
Trehalose-binding lipoprotein LpqY


分子量: 47353.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: lpqY, Rv1235 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WGU9
#2: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(1+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 941 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.83 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月26日 / 詳細: Vertical CRL / Horizontal Eliptical mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→48.03 Å / Num. obs: 137970 / % possible obs: 99.52 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 33.12 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.24 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 8.43
反射 シェル解像度: 1.91→1.97 Å / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 4.29 / Mean I/σ(I) obs: 0.54 / Num. unique obs: 13670 / CC1/2: 0.279 / Rpim(I) all: 1.3 / % possible all: 95.83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7WCJ

7wcj


解像度: 1.91→48.03 Å / SU ML: 0.2805 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.1014
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2198 1994 1.45 %RANDOM
Rwork0.1993 135348 --
obs0.1996 137342 99.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→48.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12941 0 112 943 13996
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003913388
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.664118353
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04512123
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00642416
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.59344713
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.91-1.960.43231120.39968817X-RAY DIFFRACTION91.45
1.96-2.010.37111530.34639570X-RAY DIFFRACTION99.48
2.01-2.070.35071470.30619660X-RAY DIFFRACTION99.84
2.07-2.140.29431370.27889683X-RAY DIFFRACTION99.93
2.14-2.210.27821490.25179648X-RAY DIFFRACTION99.96
2.21-2.30.23971410.2329669X-RAY DIFFRACTION99.93
2.3-2.40.25431410.2219664X-RAY DIFFRACTION99.98
2.4-2.530.241450.20459721X-RAY DIFFRACTION99.98
2.53-2.690.251430.19739692X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.90.22211490.18829744X-RAY DIFFRACTION99.99
2.9-3.190.21441390.18759780X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.650.17761430.16889765X-RAY DIFFRACTION100
3.65-4.60.16541420.15719844X-RAY DIFFRACTION100
4.6-48.030.20351530.186410091X-RAY DIFFRACTION99.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.60983807853-0.3354962685490.3331729510020.592423644776-0.1692682780550.7671099038340.06560255657510.1219097282880.0881532497608-0.110211915949-0.04366765500590.0414809006601-0.0148888085748-0.0595840371947-0.02219318040540.2173196861890.04071977610850.0009563306963670.211803084670.01089378735140.4573479120334.90821373125.3829999563622.1165014585
20.9438996902890.00602582729773-0.1054326671891.04507580205-0.1852518095290.56079965810.00488598521611-0.0237511192462-0.06245331814770.08168177128970.03247766210550.102391915776-0.00117352778716-0.0534780208573-0.03497816541260.190307445388-0.0006882292170910.0178206902010.1713081802890.004438000573120.41866231310335.6262371215-4.5637330357754.663701507
30.6844578624830.04983249015860.01767764701141.920237257040.1598660231180.55477971598-0.05969405887140.1441720845860.0311939055475-0.1694829217150.1007822735290.0608353279430.0146932512498-0.020012218161-0.03764937554020.215796859454-0.04038552641670.04223797678550.2639943094090.01074662821760.43209903572873.587469315936.960351288957.6031300984
40.745929292618-0.1186757181890.07351681044721.01697452694-0.1289745093240.457621912543-0.0171442167428-0.06940345552330.04062442764690.03400811427460.035057945704-0.157722424497-0.01035578164580.0329857890064-0.01898489582470.1610309406770.005282529910160.0172332281190.210235045719-0.01376729225890.41909631276381.551277917636.374416670890.6404087133
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 32 through 501)AA - B32 - 5011
22(chain 'B' and resid 31 through 501)BC - D31 - 5011
33(chain 'C' and resid 32 through 501)CE - F32 - 5011
44(chain 'D' and resid 31 through 464)DG31 - 4641 - 426

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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