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- PDB-7wcy: Crystal Structure of H-2Kb with Cryptosporidium parvum gp40/15 epitope -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wcy
タイトルCrystal Structure of H-2Kb with Cryptosporidium parvum gp40/15 epitope
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
  • SER-VAL-PHE-ALA-ILE-PHE-ALA-ALA-LEU
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC I / peptide epitope / T cell immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Wang, Y.L. / Gao, M.H. / Zhang, L.X. / Fan, S.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31702232, 32172882 中国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2023
タイトル: Structural Analyses of a Dominant Cryptosporidium parvum Epitope Presented by H-2K b Offer New Options To Combat Cryptosporidiosis.
著者: Wang, Y. / Gao, M. / Li, X. / Zhu, W. / Zhao, M. / Li, J. / Liu, X. / Cao, L. / Li, S. / Zhang, S. / Zhang, L. / Fan, S.
履歴
登録2021年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: SER-VAL-PHE-ALA-ILE-PHE-ALA-ALA-LEU
D: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: SER-VAL-PHE-ALA-ILE-PHE-ALA-ALA-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,22114
ポリマ－88,7526
非ポリマー4708
水1,08160
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: SER-VAL-PHE-ALA-ILE-PHE-ALA-ALA-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5526
ポリマ－44,3763
非ポリマー1763
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
2
D: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: SER-VAL-PHE-ALA-ILE-PHE-ALA-ALA-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6698
ポリマ－44,3763
非ポリマー2935
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.920, 84.770, 95.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / H-2K(B)


分子量: 31777.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-K1, H2-K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01901
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド SER-VAL-PHE-ALA-ILE-PHE-ALA-ALA-LEU


分子量: 938.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
#4: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12%(w/v) Polyethylene glycol 3350, 0.005M Cobalt(II) chloride hexahydrate; 0.005M Nickel(II) chloride hexahydrate; 0.005M Cadmium chloride hydrate; 0.1M HEPES (PH7.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→49.47 Å / Num. obs: 40181 / % possible obs: 97.98 % / 冗長度: 2.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.259
反射 シェル解像度: 2.36→2.45 Å / Num. unique obs: 4091 / CC1/2: 0.826

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1vac

1vac


解像度: 2.36→49.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU ML: 0 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.254 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2584 2079 5.215 %
Rwork0.2258 37789 -
all0.228 --
obs-39868 99.715 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 68.212 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.141 Å20 Å2-0.071 Å2
2---0.19 Å2-0 Å2
3---0.049 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→49.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6248 0 8 60 6316
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.36-2.4210.3481320.282791X-RAY DIFFRACTION99.659
2.421-2.4870.3181470.2642681X-RAY DIFFRACTION99.6476
2.487-2.560.3281420.2582656X-RAY DIFFRACTION99.8572
2.56-2.6380.3191410.2432573X-RAY DIFFRACTION99.9632
2.638-2.7250.2911550.2062463X-RAY DIFFRACTION100
2.725-2.820.3331230.2352439X-RAY DIFFRACTION99.922
2.82-2.9270.271430.2232271X-RAY DIFFRACTION99.7521
2.927-3.0460.2851300.2592251X-RAY DIFFRACTION99.7486
3.046-3.1810.331210.2662129X-RAY DIFFRACTION99.7783
3.181-3.3360.3351100.2742065X-RAY DIFFRACTION100
3.336-3.5170.2621190.2451948X-RAY DIFFRACTION99.8551
3.517-3.730.267850.2391850X-RAY DIFFRACTION99.8452
3.73-3.9870.2371040.2241719X-RAY DIFFRACTION99.2919
3.987-4.3050.228920.2091641X-RAY DIFFRACTION99.7123
4.305-4.7150.214950.1961492X-RAY DIFFRACTION99.7486
4.715-5.270.223670.1691344X-RAY DIFFRACTION99.7173
5.27-6.0830.267470.2141233X-RAY DIFFRACTION99.1479
6.083-7.4420.229641009X-RAY DIFFRACTION99.7212
7.442-100.311250.189803X-RAY DIFFRACTION99.1617

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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