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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wck | ||||||
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タイトル | Local CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6P(B.1.617.2) in complex with SWA9 Fab | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Complex / antibody / S6P / SARS-CoV-2 | ||||||
機能・相同性 | : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å | ||||||
データ登録者 | Du, S. / Xiao, J.Y. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Local CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6P(B.1.617.2) in complex with SWA9 Fab 著者: Du, S. / Xiao, J.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wck.cif.gz | 83.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wck.ent.gz | 63.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wck.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7wck_validation.pdf.gz | 739.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7wck_full_validation.pdf.gz | 746.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7wck_validation.xml.gz | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7wck_validation.cif.gz | 28.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/7wck ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/7wck | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 32423MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24304.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#2: 抗体 | 分子量: 12182.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#3: タンパク質 | 分子量: 22392.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A8A5S0C0 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: S6P(B.1.617.2) RBD in complex with SWA9 Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 324843 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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